Izba podjęła kontrolę z uwagi na ujawnione przez inspekcję weterynaryjną i organizacje pozarządowe przypadki naruszania dobrostanu zwierząt w transporcie i uboju. NIK miała sprawdzić, czy podczas transportu i uboju zwierząt przestrzegane były w szczególności zasady zawarte w Kodeksie Dobrostanu Zwierząt ujęte, jako katalog pięciu wolności: od głodu, pragnienia i niedożywienia, od urazów psychicznych, od bólu, ran i chorób, do wyrażania naturalnego zachowania, od strachu i stresu w relacji z człowiekiem.

Nadzór Inspekcji Weterynaryjnej nad ubojem w rzeźniach był pełny i skuteczny. Najważniejsze stwierdzone w latach 2014-2016 (I półrocze) nieprawidłowości dotyczyły niewłaściwego opracowania procedur i braku konserwacji urządzeń do ogłuszania zwierząt.

Inspekcja weterynaryjna nie sprawowała nadzoru nad ubojem gospodarczym. Główny Lekarz Weterynarii nie miał informacji o skali tego uboju ani o wynikach kontroli dokonywanych przez lekarzy weterynarii.

Powiatowi lekarze weterynarii praktycznie nie kontrolowali ubojów gospodarczych nie znali, zatem zakresu stosowania przepisów o chronię zwierząt, zakresu rejestracji ubojów ani kwalifikacji przeprowadzających uboje. Według NIK, rolnicy mimo obowiązku informowali tylko o niektórych planowanych ubojach gospodarczych. Często zawiadomienia przekazywano z opóźnieniem i były one niekompletne.

W ocenie NIK nadzór administracyjny nad dobrostanem zwierząt podczas uboju gospodarczego był niewystarczający. Wciąż brakuje jednolitych standardów uboju niezależnych od skali i miejsca przeprowadzenia.

Zdaniem NIK, nowym regulacjom nie zostały też poddane kwalifikacje osób uśmiercających zwierzęta, choć Polska miała na to 3 lata do 1 stycznia 2013 r. Nie zostało to też zrobione po tej dacie. Minister rolnictwa nie reagował na monity Głównego Lekarza Weterynarii w tej sprawie.

Powiatowi lekarze weterynarii w latach 2014-2015 przeprowadzili ponad 755 tys. kontroli środków transportu zwierząt i dokumentacji związanej z tym transportem. Stwierdzono 2518 nieprawidłowości dotyczących przede wszystkim niezdolności zwierząt do transportu, dokumentacji, praktyk stosowanych podczas transportu i środków transportu.