W swoim sprawozdaniu ETO stwierdził, że pewna liczba odpowiedzialnych za kontrolę produkcji ekologicznej organów w państwach członkowskich w niewystarczający sposób wypełnia swoją rolę nadzorczą w stosunku do jednostek certyfikujących, przez co niektóre z nich nie spełniają szeregu wymogów UE oraz nie wykorzystują możliwości wprowadzenia niektórych dobrych praktyk.

Jak podaje ETO w okresie od roku 2001 do czasu kontroli Trybunału Komisja Europejska nie sprawdzała systemów kontroli w państwach członkowskich. Ponadto właściwe organy w państwach członkowskich napotykają utrudnienia w zapewnianiu identyfikowalności produktów ekologicznych na podlegającym im terytorium.

Według raportu ETO identyfikowalność jest jeszcze trudniejsza do zapewnienia w przypadku produktów przewożonych przez granice. W odniesieniu do importowanych produktów ekologicznych stwierdzono uchybienia także w systemie zarządzania różnymi systemami przywozu.

Na podstawie kontroli, ETO stwierdził także, że wymiana informacji  w państwach członkowskich oraz między państwami członkowskimi a Komisją i innymi państwami  nie pozwala zapewnić poprawnego funkcjonowania systemu.

ETO zarzuca także Komisji, że jak dotąd nie nadała wystarczającego priorytetu działaniom nadzorczym, w tym kontrolom.

W sprawozdaniu przedstawiono szereg zaleceń mających zaradzić uchybieniom wykazanym w trakcie kontroli ETO:

• Właściwe organy powinny wzmocnić swoją rolę nadzorczą w stosunku do jednostek certyfikujących;
• Należy poprawić wymianę informacji w państwach członkowskich, między państwami członkowskimi a Komisją oraz między państwami członkowskimi;
• Należy wzmocnić kontrole, aby upewnić się, że podmioty gospodarcze (np. producenci, przetwórcy, importerzy) spełniają wymogi regulacyjne dotyczące identyfikowalności;
• Komisja powinna wzmocnić monitoring systemów kontroli państw członkowskich poprzez realizowanie wizyt kontrolnych oraz gromadzenie i odpowiednie wykorzystywanie koniecznych danych i informacji;
• Jeżeli chodzi o przywóz, Komisja powinna zapewnić odpowiedni nadzór nad krajami wpisanymi do wykazu państw uznanych za równoważne w zakresie produkcji ekologicznej;

Komisja ma zamiar zastosować się do przedstawionych przez ETO zaleceń, w tym prowadzić szczegółowe audyty systemów kontroli produkcji ekologicznej przez Biuro ds. Żywności i Weterynarii (FVO) począwszy od 2012 r.