Jednym z głównych celów projektu nowelizacji jest zwiększenie poziomu bezpieczeństwa ludzi i środowiska. Proponowane zmiany dotyczą przede wszystkim prac wymagających "zamkniętego użycia organizmów genetycznie modyfikowanych" - na przykład takich, z jakimi mają do czynienia naukowcy.

Zgodnie z projektem "obecny system wydawania zgód na zamknięte użycie GMO zastąpiony zostanie systemem, w którym wydawane będą zezwolenia na prowadzenie zakładu inżynierii genetycznej oraz zgody na zamknięte użycie mikroorganizmów i organizmów genetycznie zmodyfikowanych". Warunkiem wydania zgody będzie spełnienie wymogów bezpieczeństwa, dotyczących m.in. kwalifikacji osób pracujących z GMO, czy sposobu postępowania z odpadami.

Zgody i zezwolenia na zamknięte użycie mikroorganizmów genetycznie modyfikowanych, prowadzenie zakładów inżynierii genetycznej, zamierzone uwolnienie organizmów GMO do środowiska czy wprowadzenie do obrotu produktów GMO ma wydawać minister środowiska.

Zgody na zamknięte użycie mikroorganizmów genetycznie modyfikowanych będą na czas nieokreślony. Dotychczas wydawano je na pięć lat.

Projekt wprowadza cztery kategorie, do których należy przyporządkowywać każdy przypadek zamkniętego użycia organizmów genetycznie zmodyfikowanych. Zaliczenie prac do kategorii zależy od tego, na ile wykorzystywany w tych pracach organizm (np. uczestniczący w dostarczaniu genów lub poddawany zmianom genetycznym) może wywołać choroby ludzi, zwierząt albo roślin. Kategoria I oznacza "działania niepowodujące zagrożeń lub powodujące znikome zagrożenia", kolejne kategorie oznaczają działania powodujące zagrożenia niewielkie, umiarkowane i duże.

Szacuje się, że większość działań dotyczących GMM i GMO, prowadzonych w systemach zamkniętych w Polsce, zalicza się do I (najniższej) kategorii zagrożenia.

Zdonie z projektem planowane działania w kategorii I trzeba będzie zgłosić z co najmniej 30-dniowym wyprzedzeniem. Zgodę na działania zaliczone do kategorii II minister wydawać ma w 45 dni od złożenia wniosku, a kategorie III i IV wymagają 90 dni. Wydanie zgody dla III lub IV kategorii będzie wymagało m.in. przygotowania planu postępowania na wypadek awarii, np. niekontrolowanej ucieczki organizmu GMO z laboratorium do środowiska.