Zachodzące podczas głębokiej hydrorafinacji olejów napędowych reakcje powodują powstawanie nieznanej ilości węglowodorów pochodzących z biomasy o zmienionej strukturze, a tym samym zmienionych właściwościach, co z kolei skutkuje ich nieokreślonym udziałem w różnych frakcjach produktowych. Zmienność otrzymywanych produktów, oprócz rodzaju surowca, zależy od całej grupy dynamicznie zmieniających się parametrów procesu, również powstające podczas hydrorafinacji produkty uboczne mają wpływ na bieg reakcji hydrorafinacji (np. H2S, NH3, H2O). Biorąc powyższe pod uwagę, należy podkreślić, że realizacja NCW przy udziale produktów współuwodornienia doprowadziłaby do sytuacji, w której ilość biokomponentów powstałych w wyniku zastosowania tej technologii w praktyce nie byłaby możliwa do dokładnego oszacowania. Pojawia się zatem pytanie, na czym miałoby polegać naliczanie samego NCW, skoro niewiadomą pozostaje faktyczna ilość wprowadzonych do paliw transportowych biokomponentów?

Podstawowym celem opracowywanych obecnie założeń do nowelizacji ustawy o biokomponentach i biopaliwach ciekłych jest implementacja do prawodawstwa krajowego przepisów dyrektywy Parlamentu Europejskiego i Rady 2009/28/WE z dnia 23 kwietnia 2009 r. w sprawie promowania stosowania energii ze źródeł odnawialnych, zmieniająca i w następstwie uchylająca dyrektywy 2001/77/WE oraz 2003/30/WE. Biorąc powyższe pod uwagę, zwłaszcza w kontekście upłynięcia z dniem 5 grudnia 2010 roku terminu wdrożenia w/w regulacji, w opinii Koalicji na rzecz Biopaliw niezwykle istotną kwestią pozostaje sposób implementacji dyrektywy w krajach członkowskich UE, którym udało się dotrzymać niniejszego terminu. Jako przykład należy tutaj wskazać niemiecką federalną ustawę z 15 marca 1974 r. o ochronie przed emisją (ustawa o ochronie  przed szkodliwym oddziaływaniem zanieczyszczeń powietrza, hałasu, wstrząsów i podobnych zdarzeń na środowisko naturalne - nowelizacja aktu w omawianym zakresie została opublikowana 26 listopada 2010 r. w Dzienniku Ustaw pod nr I 1728), której §37b określający wymagania wobec biopaliw mówi, iż „Oleje biogeniczne, które są uwodorniane w procesie rafineryjno-technicznym wraz z olejami pochodzenia mineralnego, jak też wyroby energetyczne o zawartości bioetanolu poniżej 70 proc. obj., do których dodawane są zawierające bioetanol wyroby z podpozycji 3824 90 99 Nomenklatury Kombinowanej, nie będą zaliczane na poczet spełniania zobowiązań według §37a (...)" Z kolei zgodnie z §37a, odnoszącym się wprost do realizacji przez Niemcy postanowień wspólnotowego pakietu klimatycznego, „Zobowiązani (...) od roku 2015 muszą wprowadzać do obrotu minimalne ilości biopaliwa zastępującego paliwo gaźnikowe i olej napędowy, dzięki któremu ilości gazów cieplarnianych [pochodzących ze spalania] łącznej ilości paliwa gaźnikowego i oleju napędowego włącznie z biopaliwem zastępującym paliwo gaźnikowe i olej napędowy, zostaną zmniejszone o poniższe udziały procentowe:
- od roku 2015 o 3 proc.
- od roku 2017 o 4,5 proc.
- od roku 2020 o 7 proc.