Zgodnie z ustawą z dnia 25 sierpnia 2006 r. o biokomponentach i biopaliwach ciekłych organem rejestrowym jest Agencja Rynku Rolnego, która odpowiada za administrowanie rejestrem wytwórców zajmujących się wytwarzaniem, magazynowaniem lub wprowadzaniem do obrotu biokomponentów oraz rejestrem rolników produkujących biopaliwa ciekłe na własny użytek.  Oprócz tego zarówno wytwórcy, jak i rolnicy będą także musieli uzyskać wpis do Centralnego Rejestru Przedsiębiorców prowadzonego przez ARR.

Dla wytwórców
Na podstawie ustawy z 2 października 2003 r. o biokomponentach stosowanych w paliwach ciekłych i biopaliwach ciekłych (obowiązującej od 1 stycznia 2004 r.) Ministerstwo Rolnictwa i Rozwoju Wsi było organem rejestrowym odpowiedzialnym za prowadzenie rejestru przedsiębiorców wytwarzających lub magazynujących biokomponenty. Ten rejestr od 1 stycznia 2007 r. stanie się rejestrem wytwórców i będzie prowadzony przez ARR (zgodnie z ustawą z 25 sierpnia 2006 r. o biokomponentach i biopaliwach ciekłych oddającej kompetencje rejestracyjne do ARR). Tym samym znajdujący się w nim przedsiębiorcy będą zwolnieni z obowiązku składania wniosku o wpis do rejestru wytwórców prowadzonego przez ARR. Zostaną jedynie wezwani do uzupełnienia danych, których zakres w nowej formule będzie poszerzony.

Nie zwalnia to jednak wytwórców od uzyskania wpisu w Centralnym Rejestrze Przedsiębiorców prowadzonym przez ARR. Zasady rejestracji oraz formularz rejestracyjny zamieszczone są na stronie internetowej ARR (www.arr.gov.pl).

Natomiast producenci, którzy nie znajdowali się w rejestrze MRiRW i dopiero będą starali się o wpis do rejestru wytwórców, muszą wcześniej zarejestrować się w CRP. Obowiązek ten nie dotyczy jedynie wytwórców, którzy posiadają już numer rejestracyjny w CRP.

Po zarejestrowaniu się w CRP będą mogli ubiegać się o wpis do rejestru wytwórców. W tym celu składają wniosek na specjalnym formularzu, który można będzie uzyskać w centrali i oddziałach terenowych ARR lub na stronie internetowej Agencji. Do wniosku należy dołączyć oświadczenie stwierdzające, że dane zawarte we wniosku są kompletne i zgodne z prawdą oraz że wytwórca spełnia warunki wykonywania działalności gospodarczej w zakresie wytwarzania, magazynowania lub wprowadzania do obrotu biokomponentów, zgodnie z ustawą z 25 sierpnia o biokomponentach i biopaliwach ciekłych. Niezbędna jest również kopia dowodu opłaty skarbowej za wpis do rejestru działalności regulowanej.