Działania Agencji w odniesieniu do obiektów wpisanych do Rejestru Zabytków ukierunkowane są na ich zabezpieczenie przed uszkodzeniem, zniszczeniem, dewastacją do czasu ich trwałego rozdysponowania oraz przygotowanie obiektów do sprzedaży, o ile to możliwe, wraz z gospodarstwem rolnym, historycznie związanym z zabytkiem. Obiekty zabytkowe poza swą bezsporną wartością historyczną i kulturową mają także wymierną wartość gospodarczą. Niemal na całym świecie stare budowle stanowią dobrą lokatę kapitału.

Przekształcenia strukturalne i własnościowe zmierzają w takim kierunku, aby przyszły właściciel wziął na siebie ciężar wykonania niezbędnych prac remontowych i zabezpieczających, realizując je w zgodzie ze wszelkimi wymogami formalnymi wynikającymi z charakteru tych obiektów oraz zaleceń konserwatorskich.

Sprzedaż nieruchomości wpisanych do Rejestru Zabytków prowadzona jest w większości wypadków w ramach pierwszeństwa nabycia przysługującego dzierżawcy na podstawie art. 29, ust. 1, pkt 3 ustawy o gospodarowaniu nieruchomościami rolnymi Skarbu Państwa.
Jeżeli nie ma zastosowania prawo pierwszeństwa, sprzedaż nieruchomości odbywa się w drodze przetargu. W przypadku nie rozstrzygnięcia przetargu, korzystając z ustawy o gospodarowaniu nieruchomościami rolnymi Skarbu Państwa, Agencja ogłasza kolejne przetargi i może ustalić cenę wywoławczą, nie niższą jednak niż 50% ceny wywoławczej pierwszego przetargu, aż do skorzystania z możliwości sprzedaży nieruchomości bez przetargu. W tym przypadku ustalona cena sprzedaży nie może być jednak niższa od ceny wywoławczej ostatniego przetargu.

Agencja może także w drodze umowy nieodpłatnie przekazać nieruchomość np. gminie na cele związane z wykonywaniem zadań własnych. Jednak gminy nie przejawiają dużego zainteresowania przejmowaniem nieruchomości wpisanych do Rejestru Zabytków.
Stosowany przez wiele lat system preferencji przy nabywaniu nieruchomości zabytkowych, polegający na obligatoryjnym obniżaniu ceny sprzedaży o 50%, umożliwiał rozszerzenie kręgu osób zainteresowanych nabyciem, również na osoby mniej zamożne. Jednak tak skonstruowany system preferencji nie wpływał na polepszenie stanu zabytków. Dopiero zmiana zasady polegająca na wprowadzeniu w miejsce obniżki obligatoryjnej – obniżki fakultatywnej, umożliwiła Agencji rozwiązania ukierunkowane na wykorzystanie przez nabywcę uzyskanych oszczędności z tytułu obniżki ceny sprzedaży, na realizację prac budowlano-konserwatorskich. Należy podkreślić, że poniesione nakłady dotyczą obiektów nie będących już w Zasobie.