Ministerstwo Rolnictwa i Rozwoju Wsi nie zgadza się z zarzutem Rosyjskiej Federalnej Służby Nadzoru Weterynaryjnego i Fitosanitarnego, według którego brak jest w Polsce właściwego systemu nadzoru nad stosowaniem środków ochrony roślin oraz z tym, że wprowadzane na rynek rosyjski polskie płody rolne zawierają pozostałości środków ochrony roślin w ilościach zagrażających zdrowiu konsumentów.
Kompleksowy nadzór nad stosowaniem środków ochrony roślin w produkcji roślinnej sprawowany jest przez Państwową Inspekcję Ochrony Roślin i Nasiennictwa i obejmuje on zarówno kontrolę obrotu takimi środkami, nadzór nad ich stosowaniem, jak i badanie płodów rolnych pod kątem pozostałości tych środków. Działania te, dla których podstawę prawną stanowią przepisy ustawy z dnia 18 grudnia 2003 r. o ochronie roślin, realizują w pełni wymogi prawa Unii Europejskiej w tym zakresie.

Kontrola obrotu środków ochrony roślin ma na celu zapewnienie, że w obrocie znajdują się jedynie te środki, które zostały dopuszczone do obrotu decyzją Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi i spełniają one wymagania jakościowe. Ponadto, kontrola ta ma na celu wyeliminowanie z obrotu ewentualnych środków ochrony roślin, które zostały sfałszowane, przeterminowane, lub z innych powodów stwarzają potencjalne zagrożenie zarówno dla upraw jak i konsumentów. Nadzór nad stosowaniem środków ochrony roślin odbywa się poprzez kontrolę stanu technicznego sprzętu wykorzystywanego do ich aplikacji (sprzęt taki podlega obowiązkowym badaniom), kontrolę kwalifikacji osób wykonujących takie zabiegi, jak i analizę obowiązkowo prowadzonych przez rolników ewidencji wykonywanych zabiegów ochrony upraw. Kontrola pozostałości środków w płodach rolnych ochrony roślin obejmuje badania laboratoryjne urzędowo pobranych prób wybranych płodów rolnych i jest planowana w oparciu o analizę ryzyka oraz wytyczne wspólnotowe w tym zakresie. W ramach tej kontroli corocznie pobieranych jest około 2500 prób, które poddawane są analizom na obecność pozostałości około 160 substancji aktywnych.

Najwyższe dopuszczalne poziomy pozostałości środków ochrony roślin (NDP) są jednolite we wszystkich państwach członkowskich Unii Europejskiej i ich wartości zostały opracowane w oparciu o wyniki badań naukowych, których podstawowym kryterium jest zapewnienie bezpieczeństwa konsumenta, ze szczególnym uwzględnieniem grup szczególnie wrażliwych takich jak dzieci. Należy również podkreślić, że poziomy NDP zostały opracowane z uwzględnieniem norm zawartych w przygotowanym przez Światową Organizację Zdrowia ONZ (WHO) oraz Organizację ds. Wyżywienia i Rolnictwa ONZ (FAO) Międzynarodowym Kodeksie Żywnościowym FAO/WHO Codex Alimentarius.