Jak poinformowała Krajowa Izba Biopaliw, Minister Rolnictwa i Rozwoju Wsi odpowiedział, że rozwiązanie tego rodzaju nie jest możliwe do wdrożenia. Założenia wniosku są niezgodne z przepisami Dyrektywy Rady 2003/96/WE z dnia 27 października 2003 r. w sprawie restrukturyzacji wspólnotowych przepisów ramowych dotyczących opodatkowania produktów energetycznych i energii elektrycznej.

Zgodnie z postanowieniami powyższej dyrektywy państwa członkowskie UE mogą ustanowić minimalną stawkę akcyzy jedynie dla olejów napędowych używanych w rolnictwie, ogrodnictwie, hodowli ryb oraz leśnictwie i oznaczonych kodem CN 2710 19 41 do 2710 19 49. Według art. 8 dyrektywy, wysokość akcyzy paliwa wykorzystywanego do produkcji rolnej może zostać obniżone do 21 EUR za 1 000 l, natomiast stosownie do art. 6 dyrektywy - państwa członkowskie mogą przyznawać zwolnienia lub obniżki w poziomach opodatkowania bezpośrednio, przez zróżnicowaną stawkę, refundowanie całości lub części kwoty opodatkowania - pod kontrolą fiskalną.

Wytyczne Wspólnoty w sprawie pomocy państwa w sektorze rolnym i leśnym na lata 2007-2013 (Dz. Urz. UE C 319 z 27.12.2006, str 1) w części VI.F. Pomoc związana ze zwolnieniem z podatków na mocy dyrektywy 2003/96/WE stanowią, że jeśli środek podatkowy przewidziany w art. 8 i art. 15 ust. 3 ww. Dyrektywy Rady 2003/96/WE jest w równym stopniu stosowany w całym sektorze, Komisja uznaje, że środek ten może przyczynić się do rozwoju tego sektora. Zgodnie z Wytycznymi zastosowanie minimalnych poziomów opodatkowania określonych w dyrektywie Rady 2003/96/WE, do produktów wykorzystywanych jako paliwa silnikowe dla celów produkcji rolnej zostanie uznane za zgodne z art. 108 ust. 3 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej, pod warunkiem, że spełnia odpowiednie wymogi tej dyrektywy i jeżeli nie zostanie wprowadzone zróżnicowanie.

Podsumowując, według opinii resortu rolnictwa, dokonanie zwrotu podatku akcyzowego zawartego w cenie biopaliwa oznaczonego kodem innym niż 2710 19 41 do 2710 19 49 jest niemożliwe.

Jednocześnie Ministerstwo Rolnictwa poinformowało, że w ustawie dnia 26 listopada 2010 r. o zmianie niektórych ustaw związanych z realizacją ustawy budżetowej (Dz. U. Nr 238, poz. 1578 z późn. zm.) wprowadzono zapisy, które umożliwiają stosowanie w okresie od 1 maja 2011 r. do 31 grudnia 2011 r. obniżonych stawek akcyzy dla: wyrobów powstałych ze zmieszania benzyn silnikowych z biokomponentami, zawierających powyżej 80 proc. biokomponentów (obniżenie akcyzy o 1,56 zł/l), wyrobów powstałych ze zmieszania olejów napędowych z biokomponentami, zawierających powyżej 80% biokomponentów (obniżenie akcyzy o 1,04 zł/l) oraz biokomponentów stanowiących samoistne paliwa, przeznaczonych do napędu silników spalinowych (stawka akcyzy wynosi 10,00 zł/1000 litrów).

Mechanizm obniżonych stawek akcyzy będzie obowiązywać jednak dopiero po uzyskaniu notyfikacji Komisji Europejskiej o zgodności pomocy publicznej w formie obniżonych stawek ze wspólnym rynkiem.