Zgodnie z obecnym prawem, członkowie PROP są powoływani przez ministra środowiska na 5-letnią kadencję (obecna upływa w 2019 r.), nie można ich odwołać.

W nowelizacji zapisano, że Rada może liczyć od 20 do 40 członków (obecnie jest ich 40), a także, że członkowie mogą być powoływani i odwoływani przez ministra środowiska. Według resortu środowiska, a także wnioskodawców zmiana jest konieczna m.in. dlatego, iż w świetle obecnie obowiązujących przepisów, w przypadku śmierci członka PROP, minister nie może powołać w jego miejsce nowego.

Według nowelizacji minister będzie miał możliwość powoływania naukowców, którzy są ekspertami w pewnych dziedzinach, które są dla resortu priorytetami, np. pochłaniania CO2. Obecnie w radzie nie ma takich ekspertów, a zasiada w niej np. kilku, którzy zajmują się jedną dziedziną.

Negatywnie o zmianach dot. PROP wypowiadały się środowiska ekologiczne. Według nich pozbawią one tego naukowego ciała niezależności. Podobnie jak opozycja wskazywali też, że nowe przepisy to "próba ukarania Rady" za jej negatywną opinię ws. ewentualnej większej wycinki w Puszczy Białowieskiej.

Zdaniem senatora Jerzego Wcisły (PO) ustawa daje kompetencje "praktycznie dowolnego powoływania i odwoływania członków Państwowej Rady Ochrony Przyrody ministrowi właściwemu ds. środowiska".

- Nie widzę żadnego uzasadnienia dla udzielenia ministrowi takich uprawnień - zaznaczył. - Nie może być tak, że rada, która ma być organem doradczym będzie w 100 proc. zależna od woli ministra, którego pracę - a nawet więcej niż pracę, bo i merytoryczne postawy - będzie oceniała - dodał senator Platformy. W jego ocenie rada powinna mieć zagwarantowaną niezależność swojego funkcjonowania.

Wcisła zaproponował poprawkę, która umożliwi powoływanie naukowców na czas wykonywania konkretnego zadania i odbierania im członkostwa po wykonaniu go.

- Takie rozwiązanie wypełni zgłaszaną przez ministra potrzebę dokoptowywania do rady specjalistów potrzebnych na pewien czas, i jednocześnie da radzie luksus pracy zgodnej z własnym sumieniem - wyjaśnił. Wiceminister środowiska, Główny Konserwator Przyrody Andrzej Szweda-Lewandowski uznał, że "takie czasowe powoływanie - to nie tędy droga", bo nie wiadomo kiedy specjaliści będą potrzebni. Poprawka została odrzucona.