Jednostka została utworzona 31 maja 1950 roku - na mocy Rozporządzenia Rady Ministrów - z inicjatywy wybitnego zootechnika i genetyka prof. Teodora Marchlewskiego, rektora Uniwersytetu Jagiellońskiego.

Przedmiotem działania Instytutu jest prowadzenie badań naukowych i prac rozwojowych w zakresie produkcji zwierzęcej i kształtowania środowiska rolniczego. Działalność ta ukierunkowana jest na bieżące i perspektywiczne potrzeby produkcji taniej i bezpiecznej żywności w warunkach przyjaznych dla zwierząt i środowiska, a także wykorzystanie zwierząt gospodarskich dla celów biomedycznych.

Działy nauki, którymi zajmuje się Instytut, to:

·         Genetyka i hodowla zwierząt gospodarskich

·         Rozwój metod biotechnologii rozrodu samców i samic zwierząt gospodarskich

·         Ochrona zasobów genetycznych zwierząt gospodarskich metodą in situ i ex situ

·         Cytogenetyka i genetyka molekularna zwierząt

·         Żywienie zwierząt i paszoznawstwo

·         Technologia, ekologia i ekonomika produkcji zwierzęcej

Osiągnięcia IZ PIB, będące efektem podejmowanych przez jego pracowników przez ponad 50 lat prac naukowych, upowszechnieniowych i wdrożeniowych, zaowocowały nadaniem Instytutowi Zootechniki z dniem 23 listopada 2006 roku statusu Państwowego Instytutu Badawczego.