Organizacje zwracają jednak uwagę, że program ten jest rzadko stosowany ze względu na nieprawidłowe zarządzanie siecią i trudny dostęp do funduszy.

Ze sprawozdania wynika, że sieć Natura 2000 stanowi kluczowy element unijnej strategii na rzecz powstrzymania utraty różnorodności biologicznej i odgrywa ważną rolę w jej ochronie.

Stwierdzono jednak, że należy poczynić jeszcze znaczne postępy, jeśli UE ma osiągnąć swoje cele. Sekretarz generalny europejskiej organizacji rolników i spółdzielni rolniczych powiedział, że w sprawozdaniu zwrócono szczególną uwagę na niewystarczające fundusze unijne i trudny dostęp do nich, a także na nadmierną biurokrację.

Mimo iż można uzyskać dostęp do funduszy w ramach projektu LIFE, nawet kwalifikujący się rolnicy, w praktyce rzadko te środki otrzymują.

Zarządzanie siecią Natura 2000 jest korzystne dla całego społeczeństwa. Szacuje się, że zyski gospodarcze wynoszą 200-300 mld euro pochodzących z rozwoju turystyki, wydajniejszej gospodarki zasobami i in. Korzyści te są skutkiem doskonałej pracy rolników, właścicieli gruntów i właścicieli lasów, którzy są najważniejszymi obrońcami różnorodności biologicznej.

Sprawozdanie ukazuje również, że często straty finansowe związane ze stosowaniem tych środków znacznie przekraczają wszelkie wypłacane rekompensaty.

Sekretarz generalny Europejskiej Organizacji Właścicieli Gruntów (ELO) następnie podkreślił, że obszary Natura 2000 tracą znaczną część wartości poprzez samo ich wytyczenie. Związane jest to z wieloma kosztami niepokrywanymi ani przez UE ani przez państwa członkowskie. Rolnicy, właściciele gruntów i właściciele lasów mogą sprawić, by obszary te osiągnęły swoje cele, jednak by było to możliwe potrzebują odpowiedniego wsparcia. Należy również dokładniej oszacować lokalne wydatki i przyszłe finansowanie, zgodnie z zaleceniami sprawozdania.

Sekretarz generalna Konfederacji Europejskich Właścicieli Lasów (CEPF) powiedziała, że ze sprawozdania wynika, że środki te byłby skuteczniejsze w perspektywie długoterminowej gdyby źródła finansowania były stałe, a nie ograniczone jedynie do czterech lat w pewnych przypadkach. Rolnicy, właściciele gruntów i właściciele lasów są odpowiedzialni za utrzymanie gruntów leśnych i rolnych o wysokiej wartości przyrodniczej i powinni uzyskać za to rekompensaty, by upewnić się, że będą kontynuować swoje ważne działania w przyszłości. Decydenci polityczni muszą na to zwrócić uwagę i wypracować prostsze i wykonalne rozwiązania, by zapewnić lepszą realizację tego środka.

Sekretarz generalny Europejskiej Federacji Łowiectwa i Ochrony (FACE) powiedział, że w ramach sieci Natura 2000 czasem źle traktuje się rolników, właścicieli leśnych czy inne strony zainteresowane z obszarów wiejskich, jak na przykład myśliwych. Sieć często jest narzucana lokalnym społecznościom, co nie promuje wspólnotowej ochrony przyrody. Jasno widać, że państwa członkowskie muszą więcej zainwestować w komunikację i zachęty dla użytkowników gruntów, którzy jako pierwsi dbają, o jakość tych terenów.