Komisja Europejska przekonuje, że dzięki procedurze autoryzacji, na rynek UE są dopuszczane tylko te produkty i uprawy GMO, które nie stanowią zagrożenia dla ludzi, zwierząt i środowiska.

Przedsiębiorca chcący wprowadzić taki produkt na rynek UE zgłasza się najpierw do władz krajowych, do wniosku dołącza m.in. rezultaty badań. Następnie władze krajowe wysyłają wniosek do Europejskiego Urzędu ds. Bezpieczeństwa Żywności (EFSA). Urząd ten ocenia ryzyko i upublicznia streszczenie wniosku.

Oddzielne wnioski i oceny ryzyka środowiskowego muszą być sporządzane dla upraw GMO. W ciągu trzech miesięcy od otrzymania opinii EFSA, Komisja Europejska zaleca dopuszczenie produktów lub upraw lub ich odrzucenie, a finalna decyzja jest podejmowana przez komitet ds. łańcucha żywnościowego i zdrowia zwierząt złożony z ekspertów krajów UE. Autoryzacja jest przyznawana na 10 lat, a następnie odnawiana.

Rejestr zatwierdzonych do obrotu w UE produktów GMO można znaleźć pod linkiem: http://ec.europa.eu/food/dyna/gm_register/index_en.cfm; wśród nich znajdują się m.in. produkty z kukurydzy, fasole, burak cukrowy i kiełki soi. Na skalę komercyjną w UE można uprawiać tylko modyfikowaną kukurydzę MON 810 oraz ziemniak Amflora.

Ponadto produkty GMO w UE muszą być znakowane, a producenci muszą informować o wykorzystaniu składników GMO na każdym etapie wytwarzania i dystrybucji. Nieco mniej restrykcyjne zasady dotyczą pasz, w których dopuszcza się śladową zawartość nierejestrowanych GMO, Ponadto nie muszą być znakowane produkty mleczne i mięsne pochodzące od zwierząt karmionych paszami z GMO.

Pomimo zatwierdzenia produktów bądź upraw GMO, kraj członkowski ma możliwość czasowo ograniczyć lub zakazać upraw GMO na swoim terytorium, ale musi uzasadnić to względami bezpieczeństwa dla zdrowia ludzi i środowiska. Z takiej możliwości skorzystały m.in. Austria, Francja, Grecja, Niemcy i Węgry.

W połowie 2010 r. KE zaproponowała zmianę dyrektywy dotyczącej GMO, która pozwoliłaby krajom zakazać lub ograniczyć uprawy GMO na swoim terytorium bez odwoływania się do ryzyka dla zdrowia lub środowiska. Jednak propozycja ta utknęła w Radzie UE (rządy), ponieważ utworzyła się mniejszość blokująca tę propozycję.

Kraje, które blokują propozycje KE ws. zakazywania GMO argumentują, że takie państwowe zakazy doprowadzą do "fragmentaryzacji" wewnętrznego rynku UE. Dotychczas oponentami propozycji w sprawie GMO były: Francja, Niemcy, Belgia oraz Wielka Brytania i Hiszpania. Poza skutkami dla rynku wewnętrznego wskazywały na możliwe obiekcje ze strony światowych partnerów handlowych UE.

Propozycję KE popiera Polska, a Węgry domagały się swego czasu całkowitego zakazu GMO w UE.

Zatwierdzona w UE zmodyfikowana kukurydza MON 810 jest uprawiana głównie w Hiszpanii, a na znacznie mniejszą skalę także w Portugalii, Czechach, Słowacji i Rumunii. Duże ilości pasz z modyfikowanej soi i kukurydzy są importowane do UE, m.in. do Wielkiej Brytanii. (