O zamiarze wprowadzenia zakazu GMO Polska poinformowała KE w kwietniu 2007 r., ponieważ chodziło o odstępstwa od unijnej dyrektywy, która nie zezwala na wprowadzanie zakazów GMO w UE. W październiku tego samego roku KE w trybie przyspieszonej procedury pisemnej przyjęła decyzję odrzucającą zgłoszone przez Polskę odstępstwa. Stwierdziła w niej, że Polska nie przedstawiła badań naukowych, które uzasadniałyby zakaz.

Rzecz w tym, że KE poinformowała o tym Polskę dopiero w grudniu, czyli po półrocznym terminie od polskiej notyfikacji, wymaganym w unijnym traktacie. Sekretariat generalny KE tłumaczył się "technicznym błędem". W lutym 2008 r. Polska wniosła do Sądu, czyli pierwszej instancji unijnego trybunału w Luksemburgu, o stwierdzenie nieważności decyzji KE, podnosząc zarzuty "naruszenia istotnego wymogu proceduralnego oraz zasady pewności prawa".

Polska przekonywała, że sam fakt przyjęcia decyzji przez KE nie wywołuje żadnych skutków prawnych w stosunku do polskiego rządu - bo rozstrzygające znaczenie ma oficjalne powiadomienie Warszawy o decyzji, czyli tzw. notyfikacja. Sąd przyznał rację Polsce i dodał, że milczenie KE oznaczało zgodę na polskie przepisy.

"Zaskarżona decyzja, przyjęta w dniu 12 października, została notyfikowana władzom polskim dopiero w dniu 4 grudnia 2007 r., to jest po terminie 6 miesięcy przewidzianym w art. 95 ust. 6 akapit pierwszy Traktatu. Z chwilą upływu tego terminu projekt ustawy został więc uznany za zatwierdzony i w konsekwencji nie mógł zostać odrzucony przez Komisję w drodze zaskarżonej decyzji. Z całości powyższych rozważań wynika, że należy (...) stwierdzić nieważność zaskarżonej decyzji. Ponieważ Komisja przegrała sprawę, należy - zgodnie z żądaniem Rzeczpospolitej Polskiej - obciążyć ją kosztami" - głosi wyrok Sądu UE.

Świadoma swego niedopatrzenia, KE próbowała uniknąć zarzutu przekroczenia terminu dzięki wymianie mejli z polskim rządem. 12 listopada wysłała decyzję drogą elektroniczną, na co jednak polski rząd odpowiedział 30 listopada, także mejlem: "Dokumenty załączone do ostatniej wiadomości możemy traktować jedynie jako projekt decyzji Komisji z dnia 11 października 2007 r., który był przedmiotem procedury pisemnej następnego dnia. Mam nadzieję, że oboje jesteśmy świadomi, że w braku oficjalnej odpowiedzi Komisji wynikają z tego określone konsekwencje dla późniejszej procedury zgodnie z traktatem" - pisała polska urzędniczka do przedstawiciela KE.