W przypadku przekroczenia kwoty krajowej obliczane są opłaty z tytułu nadwyżek za każde 100 kg przekroczenia. Opłata musi być zapłacona przez producentów mleka w ciągu 12 miesięcznego okresu, który trwa od 1 kwietnia danego roku do 31 marca następnego. Polska nie przekroczyła krajowej kwoty mlecznej, dlatego kar nie będzie.

W roku kwotowym 2009/2010 trzy kraje przekroczyły przyznane kwoty, a były to: Holandia, Cypr oraz Dania, a łączna opłata za nadwyżki wyniosła ok 19 milionów euro. Rok wcześniej, w roku kwotowym 2008/2009 było to 99 milionów euro, a w 2007/2008 – 340 milionów euro.