Wątpliwości z tym związane miała Krajowa Rada Izb Rolniczych i wystąpiła do ministra finansów w sprawie opodatkowania podatkiem VAT unijnej pomocy finansowej udzielanej na podstawie przepisów UE ustanawiających tymczasowe nadzwyczajne środki wsparcia dla producentów niektórych owoców i warzyw.

Jak wyjaśnił minister finansów, otrzymana pomoc unijna stanowi dla darczyńcy (rolnika) wynagrodzenie za przekazanie owoców i warzyw odpowiednim podmiotom. „Z tego też względu nie może mieć zastosowania zwolnienie od podatku. Dotyczy ono bowiem wyłącznie dokonywanych przez podatnika nieodpłatnie (w rozumieniu podatku od towarów i usług) przekazań żywności na warunkach określonych w tym przepisie. Natomiast ww. zwolnienie od podatku VAT nie dotyczy dostaw towarów za wynagrodzeniem, a takimi właśnie są przedmiotowe dostawy owoców i warzyw w zamian za środki finansowe otrzymane z unijnej pomocy finansowej.”

Kwestia wysokości należnego podatku jest zależna od tego, czy rolnik jest czynnym podatnikiem, czy ryczałtowcem: „otrzymywana przez producentów rolnych pomoc finansowa będzie opodatkowana podatkiem VAT według stawek właściwych dla przekazywanych towarów (wg 5% stawki podatku VAT w przypadku dostawy np. ogórków, pomidorów, marchwi, cebuli, ziemniaków (PKWiU 01.13) oraz jabłek, gruszek, śliwek, wiśni i czereśni (PKWiU 01.24) - na podstawie art. 41 ust. 2a w związku z poz. 1 i 4 załącznika nr 10 do ustawy o VAT) w przypadku gdy producenci rolni są podatnikami VAT czynnymi.

Natomiast tzw. rolnicy ryczałtowi, którzy dokonują dostaw produktów rolnych pochodzących z ich własnej działalności rolniczej nie będą odprowadzać podatku VAT z tytułu takich dostaw. Rolnicy tacy korzystają bowiem ze zwolnienia od podatku VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 3 ustawy o VAT.”