Wygranie kokursu o dotację nie jest równoznaczne z jej otrzymaniem. Przedsiębiorcę, który ma już za sobą pozytywnie dla niego rozstrzygnięty konkurs, czekają trzy etapy:

1. podpisanie umowy o dofinansowanie projektu,

2. realizacja projektu,

3. rozliczenie.

Popełnione w trakcie ich realizaji błędy mogą skutkować utratą wsparcia z UE, a w przypadku wypłaty dotacji - koniecznością jej zwrotu wraz z odsetkami. Błąd popełniony teraz może zemścić się na firmie nawet za 5 lat.

Przedsiębiorca powinien zwrócić szczególną uwagę na proces wyłonienia wykonawców, koszty kwalifikowane, udział własny i harmonogram prac. Powinien stale czuwać nad realizacją umowy oraz zapewnić osiągnięcie celów projektu. Dodatkowo, firma powinna na bieżąco informować instytucję, która przyznała dotację, o planowanych albo zaistniałych wydarzeniach powodujących zmianę sytuacji faktycznej lub prawnej, mogących mieć wpływ na realizację projektu. Kolejnym obowiązkiem jest przechowywanie całości dokumentacji związanej z realizacją projektu.

Każda inwestycja, lub inne przedsięwzięcia realizowane w ramach programów unijnych 2007 - 2013, będa kontrolowane pod względem wydatków finansowych - ich zasadności i wielkości. Jednostki zarządzające, pośredniczące oraz inne instytucje uprawnione do kontroli będą sprawdzały przestrzeganie prawa w trakcie realizacji przedsięwzięcia na wszystkich etapach. Szczególna uwaga będzie zwracana na to, czy przestrzegane są katalogowe koszty kwalifikowane, harmonogram inwestycji oraz czy jest realizowana polityka informacyjna.

Wszystkie wykonywane prace muszą mieć bezpośredni związek z realizowanym przedsięwzięciem, by osiągnąć końcowy efekt zakładany w projekcie. Ponadto, wszystkim robotom związanym z przedsięwzięciem dofinansowanym ze środków unijnych, musi przyświecać główny cel, jaki został zdefiniowany w opisie projektu.

Ostateczne nieprzyznanie dofinansowania zawartej wcześniej umowy to poważny cios dla budżetu niedoszłego beneficjenta, który w wyniku cofnięcia dofinansowania będzie musiał zwrócić wszystkie wypłacone wcześniej zaliczki i płatności transzowe. Aby nie dopuścić do takiej sytuacji, należy reagować na wszelkiego rodzaju zapytania, uwagi i spostrzeżenia osób, które w imieniu np. instytucji zarządzającej czy pośredniczącej, będą kontrolować prawidłowość przeprowadzanych prac. Najgorzej, gdy uwagi pojawią się pod koniec inwestycji, gdy najtrudniej jest naprawić nieprawidłowości, np. wynikające z użycia niewłaściwych materiałów.