W skardze, która została oddalona wyrokiem Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości (ETS) z dnia 20 września 2012 r., strona polska wnosiła o stwierdzenie nieważności załącznika I do decyzji 2009/444/WE z dnia 10 czerwca 2009 r. ustalającej przydzielenie państwom członkowskim na lata 2009 – 2012 kwot uzyskanych w wyniku modulacji, o której mowa w art. 7 i 10 rozporządzenia nr 73/2009 (Dz. Urz. UE L 148 z 11.6.2009, s. 29) – wyjaśnia biuro prasowe Ministerstwa Rolnictwa. -  Najważniejsze  z przedstawionych zarzutów dotyczyły: naruszenia zasady hierarchii norm prawnych poprzez przyjęcie środków sprzecznych z art. 9 ust. 2 rozporządzenia nr 73/2009 oraz naruszenia zasady podziału środków uzyskanych z modulacji według obiektywnych kryteriów. W opinii Polski nowe państwa członkowskie powinny zostać uwzględnione przy dokonywaniu podziału środków uzyskanych z modulacji przy zastosowaniu obiektywnych kryteriów, tak jak ma to miejsce w państwach UE-15. W państwach tych część środków z modulacji jest rozdzielana pomiędzy państwami wg określonych kryteriów tj.: powierzchnia użytków rolnych, zatrudnienie w rolnictwie, produkt krajowy brutto na mieszkańca według parytetu siły nabywczej.

Europejski Trybunał Sprawiedliwości nie podzielił argumentacji strony polskiej. Podkreślić jednak należy, że środki pochodzące ze stosowanej w Polsce w 2012 r. modulacji dodatkowej, pozostaną w naszym kraju i wykorzystane będą na finansowanie działań w ramach Programu Rozwoju Obszarów Wiejskich.

Czy oznacza to koniec nadziei na skuteczne zaskarżenie modulacji? 19 września podczas obrad senackiej Komisji Rolnictwa i Rozwoju Wsi minister Kalemba zapowiadał, że Polska dopiero rozważa wystąpienie do ETS w sprawie modulacji:

- Rozważamy bardzo poważnie, żeby i ten akt wykonawczy, który jest dla Polski niekorzystny i dotyka ok. 117 tys. gospodarstw, zaskarżyć do Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości - mówił. - Poważnie to analizujemy, mamy czas do 5 października, we współpracy z Ministerstwem Spraw Zagranicznych jesteśmy skłonni, żeby to i dalej zaskarżyć.