W związku z tym ARiMR rozpoczęła w roku bieżącym kontrole, mające na celu zweryfikowanie rzeczywistej realizacji wymienionych zobowiązań przez beneficjentów. W szczególności kontrole te dotyczą ponad 14 tysięcy beneficjentów działania 1.2 SPO „Restrukturyzacja… 2004-2006” „Ułatwianie startu młodym rolnikom”, co związane jest z tym, że wielu z nich premię przyznano warunkowo, tj. pomimo tego, że w chwili rozpatrywania wniosku pomocowego nie spełniali wszystkich warunków. Rolnicy ci w zawartej z Agencją umowie zobowiązali się do uzupełnienia wykształcenia i/lub do doprowadzenia prowadzonej w gospodarstwie produkcji do poziomu wielkości odpowiadającemu 4 ESU (jednostkom obliczeniowym) - a także, o ile nie spełniali ich od początku, do spełnienia minimalnych standardów w zakresie ochrony środowiska, higieny i warunków utrzymania zwierząt.

Z docierających obecnie informacji wynika, że częste są przypadki, w których kontrole końcowe przeprowadzane przez ARiMR ujawniają, iż beneficjentom nie udaje się wywiązać z podjętych zobowiązań. W odniesieniu do braków związanych z wymaganym wykształceniem już w roku 2009 złagodzono stosowaną interpretację przepisów. W niektórych ściśle określonych sytuacjach dopuszczono bardziej przychylne niż wynika to z literalnego brzmienia zawartej umowy traktowanie beneficjentów, którzy nie zdążyli w ciągu 5 lat od jej podpisania uzupełnić wykształcenia. Dotyczyło to jednak tylko sytuacji, gdy młody rolnik uczył się w chwili zawierania umowy albo rozpoczął naukę w najbliższym możliwym terminie, nie miał w nauce przerw, a w chwili upływu 5 letniego okresu był na ostatnim roku lub semestrze studiów.

Co jednak, gdy beneficjent „młodego rolnika” nie spełni warunku utrzymania produkcji na poziomie 4 ESU, nie wywiąże się w jakimś zakresie ze standardów ochrony środowiska albo nie uzupełni wykształcenia w innych okolicznościach niż te wymienione powyżej? ARiMR działa w granicach i na podstawie przepisów prawa i jest wówczas ze swojej strony zobowiązana do wystąpienia do rolnika o zwrot wypłaconej premii wraz z odsetkami. Istniejące przepisy pozwalają Agencji jedynie na rozłożenie obowiązku zwrotu pełnej kwoty na kilka rat, co nie poprawia specjalnie sytuacji dłużnika. Jeśli zatem rolnik nie dysponuje jakimiś mocnymi argumentami, dotyczącymi prawidłowości przeprowadzenia kontroli lub prawdziwości stwierdzonych w jej wyniku faktów, powinien się liczyć z tym, że jego, przysługujące mu zgodnie z agencyjną procedurą, odwołanie do Prezesa ARiMR nie zostanie uwzględnione.