W swojej decyzji z marca 2010 r. Komisja wyłączyła z unijnego finansowania wydatki zadeklarowane przez Polskę w odniesieniu do lat 2005-2007 na łączną kwotę ok. 400 mln zł.

Komisja podjęła tę decyzję po kontroli przeprowadzonej przez jej służby w 2006 r. w województwach: zachodniopomorskim, lubuskim i wielkopolskim. W wyniku tej kontroli Komisja stwierdziła nieprawidłowości we wdrażaniu przez Polskę systemu jednolitej płatności obszarowej i uzupełniających krajowych płatności bezpośrednich oraz środków rozwoju obszarów wiejskich powiązanych z powierzchniami gruntów rolnych.

Audytorzy Komisji wykryli błędy we wdrożonym przez Polskę skomputeryzowanym systemie informacji geograficznych LPIS-GIS. Stwierdzili, że system ten nie był zaktualizowany w odniesieniu do pewnej liczby działek, zawierał błędy, luki i rozbieżności, a wynikające z niego dane często nie odpowiadały rzeczywistości.

Rzecznik KE ds. rolnictwa Roger Waite wyjaśnił w środę dziennikarzom w Brukseli, że ubiegając się o dopłaty bezpośrednie w Polsce należy sporządzić mapę, wskazującą dokładnie, jak duże są użytki rolne. - Jeżeli na tych gruntach stoją np. zabudowania albo przebiega przez nie droga, to elementy te muszą być wyłączone z gruntów, za które należą się dopłaty. W niektórych przypadkach te elementy nie zostały wyłączone, a polskie władze nie zareagowały, gdy wykryto te błędy - powiedział Waite.

- Nie mówimy, że rolnicy nie zasłużyli na pieniądze albo że doszło do oszustwa. Mówimy jedynie, że aby otrzymać dopłaty, rolnicy muszą przestrzegać pewnych reguł, a kraj członkowski musi kontrolować, czy te reguły są przestrzegane - dodał.

Polska broniła się, twierdząc, że system LPIS-GIS jest funkcjonalny, precyzyjny, wiarygodny i aktualny, a Komisja była regularnie informowana o programie budowy i modernizacji LPIS-GIS. Polskie władze zwróciły też uwagę na to, że przepisy unijne nie przewidują obowiązku wektoryzacji LPIS-GIS (umożliwiającej właściwe odczytanie map wprowadzonych do systemu), natomiast dokument Komisji, który nakłada taki obowiązek, nie jest źródłem prawa Unii. Ponadto zarzuty Komisji dotyczyły pięciu działek, niesłusznie uznanych za grunty rolne, na ogółem 60 skontrolowanych działek - zwracały uwagę polskie władze.