W uzasadnieniu do wyłączenia części wydatków PROW 2004-2006 poniesionych na ONW i działania rolno-środowiskowe Komisja Europejska podniosła, że wprowadzony w Polsce system:
- kontroli nie gwarantował oceny zasad zwykłej dobrej praktyki rolniczej w aspekcie zużycia nawozów azotowych,
- sankcji za naruszenie zasad zwykłej dobrej praktyki rolniczej nie zapewniał ich odstraszającego charakteru,
- protokołowania czynności z przeprowadzonej kontroli na miejscu w zakresie stosowania zasad zwykłej dobrej praktyki rolniczej nie był wystarczający.


Polska nie zgadzając się z zarzutami Komisji w dniu 4 grudnia 2009 r. złożyła skargę na decyzję Komisji do Sądu UE, który wyrokiem z dnia 16 września 2013 r. skargę oddalił. Aktualnie rozważana jest zasadność przygotowania odwołania od wyroku Sądu UE do Trybunału Sprawiedliwości UE.