NIK skontrolowała organizację i działanie systemu zarządzania nieprawidłowościami w zakresie europejskich funduszy rolnych (Europejski Fundusz Rolniczy Gwarancji oraz Europejski Fundusz Rolny na rzecz Rozwoju Obszarów Wiejskich) w obszarach: informowania Komisji Europejskiej o nieprawidłowościach w wydatkowaniu środków z tych funduszy oraz obsługi postępowań wyjaśniających przed KE w tych sprawach. W ocenie NIK system funkcjonował sprawnie, a realizacja zadań w skontrolowanych obszarach była zgodna z przepisami unijnymi oraz z zasadą należytego zarządzania finansami.

Według danych KE za 2013 r. raporty nieprawidłowości zgłaszane są przez Polskę średnio 10 miesięcy po wykryciu, podczas gdy wskaźnik terminowości raportowania nieprawidłowości przez wszystkie państwa członkowskie w ramach Wspólnej Polityki Rolnej wynosił 20 miesięcy.

W latach 2010-2015 (tj. do 11 czerwca) Polska zgłosiła do Komisji Europejskiej 1.180 nieprawidłowości, na łączną kwotę 96,2 mln euro. Z dostępnych danych wynika, że zdecydowanie częściej popełniały nieprawidłowości osoby fizyczne - 789 przypadków (czyli 67 proc.), podczas gdy osoby prawne - 391 przypadków (czyli 33 proc.). Najliczniejszą grupę ze względu na typ nieprawidłowości stanowiły nieprawdziwe zgłoszenia dotyczące produktów, projektów lub gruntu. Zdecydowaną większość przypadków nieprawidłowości (ok. 95 proc.) zgłosiła Agencja Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa.

NIK zwraca jednak uwagę, że dostęp agencji płatniczych do bazy danych systemu informatycznego (uruchomionego przez KE w celu umożliwienia państwom członkowskim wywiązywania się z obowiązku informowania o nieprawidłowościach) był ograniczony do zakresu ich właściwości. To wykluczało możliwości uzyskiwania informacji wprowadzonych przez inne jednostki.

Izba skierowała wniosek do Pełnomocnika Rządu do Spraw Zwalczania Nieprawidłowości Finansowych na Szkodę Rzeczypospolitej Polskiej lub Unii Europejskiej o wdrożenie instrumentów zapewniających agencjom płatniczym pełny zakres informacji o nieprawidłowościach w wydatkowaniu europejskich funduszy rolnych zgłaszanych do Komisji Europejskiej.

W latach 2004-2015 (I połowa) przeprowadzono łącznie 80 postępowań wyjaśniających przed Komisją Europejską. Postępowania prowadzone przez Ministerstwo Rolnictwa i Rozwoju Wsi we współpracy z agencjami płatniczymi były realizowane zgodnie z przepisami UE i wyczerpano wszystkie możliwości negocjacji wynikające z tych przepisów.