Od początku swojej działalności Agencja wspiera samorządy poprzez nieodpłatne przekazywanie gruntów na cele służące społecznościom lokalnym, a także środków finansowych w formie bezzwrotnej pomocy. Dzięki temu w całym kraju powstają kilometry nowych wodociągów, dziesiątki oczyszczalni ścieków, stacje uzdatniania wody, studnie głębinowe, hydrofornie, kotłownie osiedlowe, boiska, drogi w popegeerowskich osiedlach itp. W ciągu 16 lat ANR przekazała samorządom nieodpłatnie ok. 46 tysięcy hektarów gruntów. Dodatkowo w latach 1999–2007 Agencja wsparła gminy i spółdzielnie mieszkaniowe kwotą 842 mln zł. Beneficjentami pomocy finansowej były najczęściej gminy położone na obszarach popegeerowskich.

Zgodnie z stawą o gospodarowaniu nieruchomościami rolnymi Skarbu Państwa (art. 24) „Nieruchomości wchodzące w skład Zasobu Agencja może w drodze umowy, nieodpłatnie przekazać na własność jednostce samorządu terytorialnego – na cele związane z inwestycjami infrastrukturalnymi służącymi wykonywaniu zadań własnych”. Oznacza to, że Agencja może bezpłatnie przekazać gminom grunty pod budowę oczyszczalni ścieków, kanalizację, szkołę, boisko, budownictwo komunalne, cmentarz etc. Nie może natomiast tego uczynić, jeśli gmina otrzymane grunty zamierza przeznaczyć na cele komercyjne np. przekazać inwestorowi pod budowę zakładu produkcyjnego, supermarketu.

W dalszej części wspomnianej Ustawy zaznaczono, „W przypadku zbycia lub przeznaczenia przez nabywcę nieruchomości na inne cele, niż określone w umowie, przed upływem 10 lat, licząc od dnia jej nabycia, Agencja może zażądać zwrotu aktualnej wartości pieniężnej.” Zasadą jest, że Agencja w każdym takim przypadku żąda zwrotu, gdyż środki te zgodnie z prawem muszą trafić do budżetu państwa.
Również zgodnie z ustawą o gospodarowaniu nieruchomościami rolnymi Skarbu Państwa (art. 43 ust. 2, art. 44 i 48) ANR może udzielić bezzwrotnej pomocy finansowej na budowę, remont i przebudowę budynków i lokali, obiektów infrastruktury technicznej oraz innego majątku przekazanego nieodpłatnie, który był w złym stanie technicznym. Ta forma wsparcia stosowana jest od 1999 r. W samym 2007 r. oddziały terenowe Agencji Nieruchomości Rolnych zawarły z gminami i spółdzielniami mieszkaniowymi 185 umów o udzieleniu pomocy finansowej na łączną kwotę 37 mln zł. Ponad 40 % tej kwoty dotyczyło kosztów budowy i modernizacji kanalizacji, oczyszczalni ścieków, sieci wodociągowej.