Podstawowym celem działalności spółek strategicznych ANR jest prowadzenie hodowli twórczej i zachowawczej roślin uprawnych, właściwa realizacja programów hodowlanych, kreowanie postępu biologicznego dla jak najpełniejszego zaspokojenia potrzeb polskiego rolnictwa i sprostania konkurencji oraz współuczestnictwa w rynku globalnym.

W rozwoju nowoczesnego rolnictwa coraz większą rolę odgrywa postęp biologiczny, który jest obecnie uważany za najważniejszy czynnik oddziałujący na wzrost efektywności ekonomicznej rolnictwa, zarówno z punktu widzenia ilości, jak i jakości produktów rolnych. W Polsce główną rolę w jego kreowaniu i upowszechnianiu odgrywają spółki ANR, które dysponują cennym materiałem genetycznym roślin uprawnych i zwierząt gospodarskich. Stanowi on bazę tego postępu, który w postaci nowych odmian roślin oraz kolejnych pokoleń zwierząt hodowlanych jest dostępny dla krajowego rolnictwa. Poza tym uniezależnia od ewentualnych chorób czy epidemii w innych krajach, pozwala realizować własne cele hodowlane, które nie zawsze są zbieżne z celami zagranicznych firm oraz gwarantuje bezpieczeństwo żywnościowe kraju. Spółki te oferują wysokiej wartości materiał hodowlany i nasienny, a także know-how w zakresie prowadzonych prac hodowlanych. Należy podkreślić ścisłą współpracę spółek z placówkami naukowo-badawczymi, tj. uczelniami i instytutami.
W zakresie hodowli roślin spółki Agencji prowadzą zarówno hodowlę twórczą, jak i hodowlę zachowawczą. W spółkach hodowli roślin ogrodniczych zgrupowany jest najcenniejszy materiał genetyczny warzyw, kwiatów i roślin ozdobnych, zaś w spółkach hodowli roślin rolniczych najcenniejszy materiał genetyczny zbóż, roślin strączkowych i motylkowych, traw, buraka cukrowego i pastewnego oraz ziemniaka.