Gnojówka i gnojowica do czasu wywiezienia ich na pole powinny być magazynowane w uszczelnionych zbiornikach. Przedostawanie się zanieczyszczeń z nieszczelnych zbiorników do wód podziemnych, zasilających zarówno studnie kopane jak i wiercone, stwarza duże zagrożenie. O wadze tego problemu świadczy fakt, że ponad połowa wiejskich studni w naszym kraju ma wodę skażoną, nie nadającą się do spożycia.

Płynne odchody zwierzęce powinny być magazynowane w zbiornikach wkopanych w ziemię lub naziemnych o dnie i ścianach nieprzepuszczalnych. Zbiorniki wpuszczone w ziemię muszą być przykryte szczelną płytą z zamykanym otworem wejściowym. Wymagana jest również wentylacja wyprowadzona na 0,5 metra ponad poziom terenu.

Gdzie wykopać
Przepisy nie precyzują odległości, w jakich należy usytuować zbiornik w stosunku do budynków mieszkalnych na terenie tej samej zagrody. Położenie zbiorników w stosunku do zagrody sąsiedniej nie jest już dowolne. I tak odległość zbiorników mierzona od pokryw i wylotów wentylacyjnych do granicy działki sąsiada nie może być mniejsza niż 4 metry, a od drzwi i okien jego domu nie mniejsza niż 15 metrów. Taki sam dystans należy również zachować do magazynów środków spożywczych lub zakładów przetwórstwa rolno-spożywczego, jeśli są na tej samej działce lub sąsiedniej. Wymagana jest także minimalna odległość 5 metrów od pozostałych budynków magazynowych, silosów na zboża, pasze i kiszonki, bez względu na ich usytuowanie.

Płynne odchody zwierzęce mogą być magazynowane w zbiornikach otwartych o pojemności do 200 m3. Dla nich oraz dla płyt gnojowych przepisy są znacznie ostrzejsze niż dla zbiorników zamkniętych. Wprawdzie i w tym wypadku nie jest określona odległość od domu mieszkalnego gospodarza, ale wymagany jest minimalny dystans od jego działki i domu. Do granicy działki musi być minimum 4 metry, a do okien i drzwi domu mieszkalnego sąsiada – co najmniej 30 metrów.

Do budynków przetwórstwa rolno-spożywczego i magazynów produktów spożywczych nie wolno się zbliżyć na mniej niż 50 metrów, zaś do budynków magazynowych pasz i ziarna – na 10 m. Ta sama odległość musi być zachowana od silosów na kiszonki. Mniejsza, bo tylko 5 m, może być odległość zbiorników od silosów na zboże i paszę. Usytuowanie wymienionych obiektów nie jest określone, mogą zatem znajdować się na terenie tej samej zagrody lub sąsiednich.