Podstawowy poziom kontroli na miejscu dla wniosków o dopłaty bezpośrednie to 5 proc., ale poziom ten może być podwyższony w wyniku wyższego poziomu nieprawidłowości. W ciągu ostatnich 5 lat poziom kontroli przekroczył 8 proc.

Z kolei spośród wniosków składanych z PROW 2007-2013 zgodnie z obowiązującymi przepisami kontroli podawanych jest minimum 5 proc. wniosków w ramach działań społecznych i środowiskowych. Dla działań o charakterze inwestycyjnym kontroli poddaje się wnioski obejmujące minimum 5 proc. zadeklarowanych kwot. Dla obydwu typów działań poziom kontroli może być podwyższony w wypadku wykrycia wysokiego odsetka nieprawidłowości.

Do kontroli przestrzegania norm i wymogów wzajemnej zgodności kierowanych jest minimum 1 proc. spośród rolników ubiegających się o płatność bezpośrednią, ONW, rolnośrodowiskową lub zalesieniową. Dodatkowo rolnicy wnioskujący o płatność rolnośrodowiskową zobowiązani są do przestrzegania minimalnych wymogów stosowania nawozów i środków ochrony roślin.

Organem odpowiedzialnym za kontrole spełniania przez rolników norm dobrej kultury rolnej zgodnej z ochroną środowiska oraz wymogów w zakresie zarządzania z obszaru „Środowisko” jest ARiMR.

Organem odpowiedzialnym za kontrole wzajemnej zgodności w zakresie identyfikacji i rejestracji zwierząt jest Inspekcja Weterynaryjna, która przeprowadza kontrole w 5 proc. siedzib stad bydła, 3 proc. siedzib stad owiec i kóz oraz w 1 proc. siedzib stad świń. Dodatkowo w przypadku wykrycia dużego odsetka niezgodności w ramach danego wymogu lub normy, poziom kontroli może zostać podwyższony na obszarze województwa, w którym je stwierdzono.