Uznania posłów nie znalazła żadna z  proponowanych poprawek.

„Sedno całej noweli” to rozszerzenie listy kodów paliwa, które podlegają zwrotowi akcyzy i dodanie do nich biopaliw – tak podsumował nowelizację poseł sprawozdawca Wojciech Saługa, dodając: „ale przy okazji zaproponowano kilka nowych rozwiązań”. I właśnie one wywołały sejmową dyskusję. Chodzi o uniemożliwienie zwrotu upadającym spółkom: - Zwrot podatku akcyzowego nie będzie przysługiwał producentowi rolnemu w trzech przypadkach: po pierwsze, będącemu spółką z ograniczoną odpowiedzialnością, jeżeli ponad połowa kapitału zakładowego spółki ujawnionego w rejestrze przedsiębiorców Krajowego Rejestru Sądowego została utracona, w tym ponad 1/4 w okresie 12 miesięcy bezpośrednio poprzedzających dzień złożenia wniosku o zwrot podatku; po drugie, będącemu spółką, w której niektórzy członkowie są w sposób nieograniczony odpowiedzialni za zobowiązania spółki, a ponad połowa jej kapitału zgodnie ze sprawozdaniem finansowym została utracona, w tym 1/4 w okresie 12 miesięcy bezpośrednio poprzedzających dzień złożenia wniosku o zwrot podatku; po trzecie, bez względu na formę spółki, jeżeli istnieją podstawy do ogłoszenia upadłości. Powyższe kryteria nie będą miały zastosowania do producenta rolnego prowadzącego działalność rolniczą krócej niż 3 lata. Ten przepis podczas posiedzenia połączonych komisji wzbudził najwięcej emocji, były zgłaszane poprawki, które jednak nie uzyskały poparcia komisji.

Mniej wątpliwości wzbudziła kolejna zmiana - zniesienie obowiązku potwierdzania za zgodność z oryginałem kopii faktur dokumentujących zakup.

Posłowie poszli dalej, niż proponowana nowelizacja. Domagali się zwiększenia limitu paliwa na 1 ha i podniesienia zwracanej akcyzy na 1 l. Chcieli też, aby stawkę zwrotu podatku za litr określało się w ustawie budżetowej oraz umożliwienia rolnikowi składania wniosków w jednej gminie.

Wszystkie proponowane poprawki zostały odrzucone przez Sejm (trzeba dodać: niewielką większością głosów; za ich przyjęciem głosowało ok. 213-217 posłów wobec ok. 233-235 przeciw).

Za przyjęciem ustawy głosowało 448 posłów, jeden był przeciw.