Obecnie brak jeszcze rzetelnych badań na temat skutków uwolnienia do środowiska organizmów GMO. Komisja Europejska jest aktualniena etapie prac dotyczących ustalenia metod i zakresu badań, jakie będą wymagane przy rejestracji organizmów genetycznie zmodyfikowanych.

Wątpliwe korzyści
Transgeniczne uprawy nie przyniosły oczekiwanych korzyści dla rolnictwa. Wiele doświadczeń polowych w ostatnich latach wykazało obniżenie plonów upraw transgenicznych soi i rzepaku od 5 do 10 proc. w stosunku do odmian tradycyjnych. Dotyczy to także transgenicznych buraków cukrowych. Naukowcy wyjaśniają, że przyczyną obniżenia się plonów jest brak ustabilizowania genetycznego w GMO. Mechanizm obronny genów rodzimych powoduje osłabienie lub inaktywację genów obcych. Zachodzi strukturalna, genetyczna nietrwałość i brak integracji między genami, prowadząca do zmniejszenia zbiorów. Także i inne argumenty zwolenników transgeniki, dotyczące ograniczenia stosowania pestycydów, nie sprawdziły się. Zgodnie z raportem amerykańskiego ministerstwa rolnictwa po wytworzeniu odpornej kukurydzy i soi na glifosat, zużycie tego herbicydu w 2003 r. wzrosło na wymienionych uprawach o mniej więcej 30 proc.

W wielu wypadkach nie zmniejszyła się również ilość insektycydów stosowanych w transgenicznych uprawach z genem Bt. Powodem tego może być uodpornienie się szkodników na endotoksyny Bt, co ostatnio stwierdzono w Indiach i Chinach.
Zgodnie z prawem Unii Europejskiej, rolnicy którzy wprowadzą do uprawy rośliny transgeniczne, w razie zanieczyszczenia transgenami roślin sąsiadów poniosą karną odpowiedzialność. Dojdą także dodatkowe obciążenia dla rolników związane z obowiązkowym zakupem od firm biotechnologicznych opatentowanego materiału siewnego i wysadkowego.
Osobnym problemem są sprawy alergii. Zgodnie z najnowszymi informacjami przekazanymi przez ekspertów Unii Europejskiej kukurydza transgeniczna Stark Link wykazuje wyraźne działanie uczuleniowe na organizm ludzki. Dotyczy to także kilku odmian soi transgenicznej. Niezależni naukowcy tłumaczą to m.in. wyższą zawartością w soi transgenicznej alergenu trypsyny.