Obawy budzi przesunięcie znacznej części dotychczasowych obowiązków z administracji rządowej na administrację samorządową, zwłaszcza na gminy - w kontekście braku środków na prowadzenie gospodarowania wodami zgodnego z Dyrektywą Wodną i Dyrektywą Powodziową. Przyjęty kierunek zmian o charakterze porządkującym dotychczasowy bałagań kompetencyjny KRIR ocenia pozytywnie.

Proponowane zmiany gospodarki finansowej, według samorządu rolniczego, nie rozwiążą problemu niedofinansowania gospodarki wodnej, co już widać w trakcie trwających prac nad tworzenie Planów Zarządzania Ryzykiem Powodziowym. Wdrożenie unijnych zasad opłat za pobór wód i może rozwiązać problem bieżącej eksploatacji urządzeń wodnych, ale już nie zadań inwestycyjnych. Dla rolników polskich nowe prawo wodne będzie oznaczało w wielu przypadkach wprowadzenie aż 2 opłat - za pobór wody i z tytułu utrzymania urządzeń melioracji szczegółowych, przy czym dla dokładnej oceny skutków tych opłat konieczne jest przedstawienie projektów odpowiednich rozporządzeń wykonawczych, czego brakuje w projekcie, co nie jest zgodnie z zasadami techniki legislacyjnej. W aktualnych i spodziewanych w najbliższej przyszłości warunkach ekonomicznych wprowadzenie tych opłat szczególnie zagrozi uprawom warzywniczym i sadowniczym, a ponadto może radykalnie zmniejszyć hodowlę ryb stawowych.

Zwiększenie liczby cieków przypisanych marszałkowi województwa następuje bez gwarancji zapewnienia właściwego poziomu finansowania.
Umożliwienie partycypacji budżetów gminnych w inwestycjach prowadzonych na wodach Skarbu Państwa w kosztach utrzymania tych wód to zmiana generalnie w dobrym kierunku, ale równocześnie umożliwi to przerzucania na gminy nowych zadań, zwłaszcza po wystąpieniu klęsk powodziowych.

Nadanie samorządowi gminnemu (wójtowi) utrzymania melioracji szczegółowych i utrzymanie rowów odwadniających na terenach zurbanizowanych jest zmianą w słusznym kierunku, jednak mechanizm nakładania opłat na właścicieli według kryterium odnoszonych korzyści jest mało precyzyjny, za to represyjny.