Wykrycie nieprawidłowości w czasie kontroli może zakończyć się zmniejszeniem lub nie przyznaniem płatności w danym roku, wieloletnimi sankcjami, a nawet całkowitym wykluczeniem z ubiegania się o pomoc.


Kwota obniżek z tytułu nieprzestrzegania norm i wymogów ustalana jest w decyzji w sprawie przyznania płatności wydanej przez kierownika Biura Powiatowego ARiMR. W decyzji tej podane są informacje o niezastosowaniu lub zmniejszeniu wykluczenia, objęciu stwierdzonej niezgodności kontrolą na miejscu. Kierownik BP nakazuje realizację w wyznaczonym terminie określonych działań mających na celu usunięcie stwierdzonych niezgodności (obligatoryjnie podaje się działania naprawcze oraz termin do ich podjęcia). Podlegają one dodatkowym kontrolom na miejscu.


Zmniejszenia lub wykluczenia nie stosuje się, jeżeli łączna kwota zmniejszenia lub wykluczenia wynosi nie więcej niż równowartość kwoty 100 euro, przeliczonej na złote według ostatniego kursu wymiany walut, ustalonego przez Europejski Bank Centralny.