Wyrok Trybunału dotyczy skargi, którą Komisja Europejska wniosła przeciwko Polsce w styczniu 2013 r. w sprawie unijnej dyrektywy azotanowej. Dyrektywa ta służy ochronie jakości wód w Europie poprzez zapobieganie zanieczyszczeniom wód gruntowych i powierzchniowych azotanami pochodzącymi z rolnictwa oraz poprzez promowanie dobrych praktyk rolniczych.

KE argumentowała wówczas, że choć od 2004 r. Polskę obowiązują rygorystyczne unijne przepisy dotyczące zanieczyszczeń, których źródłem są azotany, to Polska za mało zrobiła, aby te przepisy wdrożyć. Komisja zarzucała polskim władzom, że nie określiły precyzyjnie wód zagrożonych zanieczyszczeniem azotanami pochodzenia rolniczego, nie wskazały wystarczającej liczby strefy zagrożonych, ani nie podjęły środków mających na celu zwalczanie zanieczyszczeń azotanami w tych strefach.

Sędziowie w Luksemburgu przyznali rację KE. Orzekli, że "nie określając w wystarczający sposób wód, które mogą zostać zanieczyszczone azotanami pochodzenia rolniczego, wyznaczając w sposób niewystarczający strefy zagrożenia i przyjmując programy działania obejmujące środki niezgodne z dyrektywą (...) Polska uchybiła zobowiązaniom spoczywającym na niej na mocy tej dyrektywy" - poinformowano w komunikacie Trybunału.

Według Trybunału choć państwa UE mają swobodę przy określaniu wód zagrożonych, to swoboda ta nie może prowadzić do pominięcia dużej części wód i obszarów zanieczyszczonych azotem. - Zobowiązanie zakwalifikowania wód jako wód wrażliwych nie występuje tylko w przypadkach, w których przyczyną ich zanieczyszczenia jest rolnictwo - wskazuje Trybunał. Ocenia również, że metody zastosowane przez Polskę do określenia wód zanieczyszczonych są "błędne i prowadzą do pominięcia dużej ilości wód zanieczyszczonych.

Sędziowie wskazali też, że Polska naruszyła m.in. ustanowione w dyrektywie kryterium eutrofizacji (nadmierne wzbogacanie się zbiorników wodnych w substancje odżywcze) przy określeniu, jako wód wrażliwych, naturalnych jezior słodkowodnych i innych zbiorników słodkiej wody. Kryterium to wymaga określenia wód, które mają lub mogą mieć w niedalekiej przyszłości wysoki pierwiastek m.in. fosforu i azotu, utrudniający rozwój życia roślin i zwierząt w tych wodach (tzw. wody eutroficzne). Ponadto, przy określaniu wód przez Polskę nie zostały wystarczająco uwzględnione stężenia azotanów powierzchniowych w wodach słodkich, ani też stężenia azotanów w wodach podziemnych.