Najważniejszym zagrożeniem gleb jest zmniejszenie zawartości substancji organicznej, erozja, zasolenie i zaskorupienie. W przyszłym roku ma wejść w życie unijna Dyrektywa Glebowa, zgodnie z którą każde państwo członkowskie będzie zobowiązane do opracowania programu zapobiegającego degradacji gleb. Obecnie trwają prace nad strategią glebową.

Uciekająca materia
Chyba nie trzeba przekonywać rolników o korzyściach, jakie stwarza substancja organiczna w glebie. Jednak jej zapasy kurczą się z roku na rok. Zmniejszenie w ciągu kilku lat pogłowia zwierząt, a w związku z tym zasobów obornika, zwiększanie areału upraw w monokulturze i zakwaszenie naszych gleb to główne przyczyny zubożenia gleb w substancję organiczną. Ujemny bilans materii organicznej w naszych glebach jest już poważnym problemem gospodarczym. Dlatego istnieje  wręcz nakaz zwiększania jej zapasów w glebie.

Najczęściej polecane metody zapobiegania degradacji substancji organicznej w glebie to: stosowanie obornika, kompostów, uprawa międzyplonów ścierniskowych i nawożenie gleb osadami ściekowymi. Ostatnio na rynku pojawiły się także gotowe preparaty, które przyspieszają mineralizację słomy, obornika i resztek roślinnych dzięki specjalnie opracowanemu składowi na bazie wyciągów z kompostów z dodatkiem mikroorganizmów. Zaleca się je stosować corocznie.

Słoma
Do niedawna wykorzystana na paszę i ściółkę, obecnie nabiera znaczenia jako cenny nawóz. Jej wartość nawozowa zależy od gatunku zbóż. Ponieważ zawiera mało azotu potrzebnego do jej mineralizacji, zaleca się stosować słomę łącznie z nawozami azotowymi. Na każdą tonę rozdrobnionej słomy trzeba użyć 7–8 kg azotu. Słomę przyoruje się na głębokość 8–10 cm, co zapewnia szybki  jej rozkład w glebie.

Kompost
W ostatnich latach staje się modnym nawozem. Wartość nawozowa kompostu zależy od jego rodzaju i użytych komponentów. Komposty najczęściej  sporządza się z odpadów gospodarskich, obornika lub gnojówki, torfu, liści, kory i trocin. Te ostatnie trudno ulegają rozkładowi w glebie, dlatego w celu przyspieszenia ich mineralizacji używa się specjalnych szczepów bakterii. Często w produkcji kompostów wykorzystuje się dżdżownice kalifornijskie, mające zdolność pobierania dużych ilości pokarmu i wydalania odchodów w formie cennego biohumusu.