Poziom kontroli może być podwyższony w wyniku wystąpienia dużego rodzaju nieprawidłowości. Na przestrzeni 5 lat np. dla wniosków w zakresie płatności bezpośrednich przekroczył już 8 proc. beneficjenów.


Kontrole na miejscu nie powinny być zapowiadane. Rolnik jest zawiadamiany o kontroli tylko wtedy, gdy jego obecność jest niezbędna do przeprowadzenia kontroli.
Jeżeli wcześniejsze powiadomienie następuje na więcej niż 48 godzin przed kontrolą, powinno ono mieć miejsce z wyprzedzeniem ograniczonym do niezbędnego minimum. Czas ten nie może przekraczać 14 dni. Natomiast w przypadku kontroli dotyczących inwentarza żywego i działań inwestycyjnych wdrażanych w ramach PROW 2007-2013 oraz Sektorowego Programu Operacyjnego termin powiadomienia nie może przekraczać 48 godzin z wyjątkiem uzasadnionych przypadków.