Po wschodach grochu zarówno korzenie jak i części nadziemne narażone są na atak grzybów z rodzaju Fasarium spp., oraz Pythium spp. Chorobę powodowaną przez te patogeny nazywa się fuzaryjnym więdnięciem grochu. Najczęściej pojawia się w uprawie grochu, gdy wiosna jest chłodna i początkowy rozwój roślin jest powolny. Patogeny te powodują słabszy rozwój grochu, a przy silnym porażenia także obumieranie młodych roślin. Uszkodzenia korzeni oraz części nadziemnych dają o sobie znać szczególnie podczas suszy. Wówczas rośliny więdną placowo, przedwcześnie kończą wegetację, co w konsekwencji doprowadza do niższego plonowania. Niestety przeciwko tej chorobie nie ma żadnego zarejestrowanego preparatu.

Kolejną ważną chorobą grochu jest askochytoza. Wczesne porażenie tym patogenem powoduje zamierania siewek. Jeśli choroba pojawi się później to na liściach, przylistkach, ogonkach liściowych, łodygach, a także strąkach obserwuje się charakterystyczne plamy, które są owalne lub mniej regularne, w kolorze brunatnym i zazwyczaj z ciemnobrunatną obwódką, o średnicy 2-10 mm. Na plamach widoczne są czarne punkty – owocniki grzyba. Silnie porażone części roślin zamierają.

W lata przekropne, głównie w uprawach grochu z opóźnionego siewu może pojawić się na roślinach rdza. Objawy są charakterystyczne: na blaszkach liściowych i strąkach można zaobserwować żółtopomarańczowe skupienia zarodników. Silnie porażone rośliny żółkną i przedwcześnie zamierają.

Groch może także atakować mączniak prawdziwy (charakterystyczny biały nalot) oraz mączniaka rzekomy (szary nalot na spodniej stronie liście pod brunatnymi plamami). Porażone rośliny są zahamowane we wzroście, szybciej zamierają, a strąki brunatnieją i pękają.

Wszystkie choroby w grochu najczęściej zwalcza się interwencyjnie w momencie wystąpienia pierwszych objawów. Jedynie część producentów wykonuje profilaktyczny oprysk przeciwko askochytozie. Zabieg przeciwko tej chorobie wykonuje się w fazie BBCH 60 (na początku fazy kwitnienia grochu). W razie potrzeby powtarza się go w odstępach co 7-10 dni, stosując przemiennie fungicydy o odmiennym mechanizmie działania.