Największe zagrożenie dla bobiku stanowi czekoladowa plamistość, askochytoza, dalej zgorzele, mniejsze rdza bobiku.
Askochytozę wywołuje grzyb Ascochyta fabae i poraża wszystkie nadziemne części roślin. Źródłem zakażenia są resztki pożniwne roślin lub porażone nasiona, na których występuje grzybnia. Jeśli choroba wystąpi to szczególnie dobrze widoczna jest na liściach starszych roślin, gdzie pojawiają się plamy z ciemnobrunatną obwódką, w środku są nieco jaśniejsze, wielkości ok. 1 cm. Na łodygach plamy zlewają się ze sobą. Grzyb poraża też strąki oraz nasiona, na których także obserwuje się brązowe plamy i które nie nadają się do zbioru, zawierają bowiem toksyczną mykotoksynę. Choroba rozwija się szybko w temperaturach 18-20°C i przy wysokiej wilgotności zwłaszcza jeśli występują opady deszczu. Dalsze rozprzestrzenianie grzyba w okresie wegetacji jest wraz z wodą i zarodniki grzyba przenoszone są na rośliny sąsiednie.

Zgorzel siewek i zgnilizna korzeni powodowane prze grzyby z rodzaju Fusarium także mogą zaatakować bobik. Źródłem mogą być resztki pożniwne, gleba lub nasiona. Zła głębokość siewu, umieszczenie nasion zbyt głęboko i za gęsto sprzyjają rozwojowi choroby. Także intensywne opady deszczu i zaskorupienie wierzchniej warstwy gleby są warunkami odpowiednimi do rozwoju choroby. Takie porażone kiełki brunatnieją i zazwyczaj zamierają przed wschodami, a te które wzejdą słabiej się rozwijają. W zaatakowanych korzoniach u podstawy źdźbła wiodcze są brunatne plamy, rośliny w czasie wydłużania zaczynają się przewracać, łodygi łamią się.

Czekoladowa plamistość powodowana przez sprawcę Botrytis fabae to choroba, której źródłem także są porażone nasiona i resztki roślinne. Czekoladowa plamistość atakuje wszystkie części roślin i rozwija się w temperaturze około 22°C, przy nadmiarze wilgoci, gęstej obsadzie roślin,  zbyt niskim pH oraz deficycie fosforu i potasu. Objawami są liczne, czekoladowo-brunatne plamki na liściach z szarozieloną lub czerwoną obwódką, o średnicy ok. 0,1-2 mm. Część łodyg zmienia barwę na brunatną, a łodygi mogą się łamać. Na zaatakowanych strąkach pojawiają się czerwonobrązowe plamy, a takie porażone strąki zazwyczaj opadają. Nasiona porażone przez grzyba mają zaburzoną zdolność kiełkowania.