W drugiej połowie lata wytwarzają zarodniki konidialne, które dostają się na owoce, gdzie kiełkują, a strzępki rostkowe wnikają do przetchlinek. Grzyb pozostaje w jabłku w formie utajonej aż do zbioru. Dopiero gdy owoce zaczynają dojrzewać w czasie przechowywania grzyb uaktywnia się, przerasta do miąższu i powoduje jego gnicie. Pierwsze objawy choroby są powszechnie nazywane „oczkowaniem” jabłek. Gorzka zgnilizna występuje także na jabłkach przechowywanych w chłodniach KA. Zmiana składu gazowego atmosfery nie hamuje rozwoju grzybów, a tylko zwalnia tempo dojrzewania jabłek, przez co objawy choroby pojawiają się najpóźniej w chłodni KA. Bardzo dużą rolę w zakażeniu jabłek odgrywa deszcz, dlatego że stymuluje zarodnikowanie grzybów, a krople deszczu przenoszą zarodniki na owoce i umożliwiają kiełkowanie zarodników. Dlatego w sezonach deszczowych notuje się silniejsze występowanie choroby, a w sezonach suchych i upalnych zagrożenie jest małe.

Zabezpieczanie jabłek przed gorzką zgnilizną polega z jednej strony na likwidacji źródła inokulum (wycinanie pędów z objawami zgorzeli), a z drugiej na zabezpieczeniu jabłek przed zakażeniem poprzez stosowanie fungicydów. Okres możliwego zakażenia owoców jest bardzo długi - około 1-1,5 miesiąca przed zbiorem - i w tym czasie trzeba kilkakrotnie zastosować fungicydy. Wybór odpowiedniego środka do tego celu jest obecnie bardzo ograniczony gdyż zarejestrowane są tylko 3 fungicydy: Topsin M 500 SC, Zato 50 WG i Captan 80 WG.
Topsin M 500 SC jest doskonale znanym preparatem, wprowadzonym w kraju do programu ochrony sadów już w latach 70-tych ubiegłego wieku i stosowanym przeciwko wielu chorobom. Spośród 3 wymienionych wcześniej środków jest on najbardziej skuteczny w zwalczaniu gorzkiej zgnilizny jabłek, zarówno przy niskiej, jak i wysokiej presji choroby (tabela 1.). Niestety w wielu sadach grzyby Pezicula spp. uodporniły się na benzimidazole, w tym także na tiofanat metylu, substancję czynną preparatu. Podejrzenie o wystąpienie odporności może budzić słaba skuteczność tego preparatu w zwalczaniu gorzkiej zgnilizny, jednak żeby się przekonać czy w sadzie są formy odporne trzeba wykonać w laboratorium odpowiedni test na grzybach wyizolowanych z gnijących jabłek.