Problem między innymi tkwi w niskiej opłacalności produkcji. Zazwyczaj w latach suchych plon nasion jest niezadawalający, natomiast w latach mokrych problemem stają się choroby.

Z racji tego, że strączkowe są jeszcze uznawane za uprawy małoobszarowe aktualnie dużą barierą w prowadzeniu tych upraw jest ograniczona liczba pestycydów. Wynika to między innymi z tego, że producenci środków ochrony roślin nie chcą bowiem inwestować ogromnych pieniędzy w rejestracje, które według nich się im nie zwrócą.

Aktualnie zarejestrowany w łubinie jest tylko jeden herbicyd Afalon Dyspersyjny 450 SC na bazie linuronu. Niestety nie ma żadnego dostępnego herbicydu, który można by było stosować powschodowo. Można jeszcze stosować Reglone 200 SL oraz Plantes 200SL, lecz są one raczej zalecane jako desykanty w przypadku nierównomiernego dojrzewania strąków. Jeśli chodzi o fungicydy to ochraniać łubiny póki co można jedynie poprzez zaprawianie nasion przy użyciu preparatu Vitavax 200 FS.

Z obserwacji wynika, że łubin jest porażany przez różne patogeny chorobotwórcze, które mogą w zależności od warunków panujących w danym roku istotnie zmniejszać plon nasion.

Szczególnie niebezpiecznym sprawcom jest antraknoza, która może rozprzestrzeniać się bardzo szybko w łanie łubinu. Różne gatunki i odmiany odznaczają się różną wrażliwością na porażenie przez ten patogen. Objawy chorobowe uwidaczniają się najczęściej w początkowym okresie kwitnienia, ale w niektórych latach sprzyjających rozwojowi grzyba mogą wystąpić już w fazie siewki.

Zainfekowane rośliny mają wygląd więdnących, a ich kwiatostany charakterystycznie zwisają. Na porażonych częściach roślin pojawiają się eliptyczne, wydłużone, łososiowe plamy z brunatnym obrzeżem. W miejscu plam tkanki pojawia się nekroza, która powoduje załamywanie się łodyg. Choroba może porażać nie tylko łodygi, ale także inne organy roślin jak liście, strąki oraz nasiona.

Troszkę lepiej jest w uprawie bobiku. Zarejestrowanych jest obecnie 13 herbicydów (w tym również desykanty), oraz 6 insektycydów. Jeśli chodzi o fungicydy dostępny jest tylko jeden preparat Rovral Aquaflo 500 SC. To zbyt mało by prowadzić skuteczną walkę z chorobami w tej uprawie.
Największe zagrożenie dla bobiku stanowi czekoladowa plamistość oraz askochytoza, w mniejszym stopniu znaczenie odgrywa rdza bobiku.