Rejestr odmian w dalszym ciągu prowadzony będzie przez Centralny Ośrodek Badania Odmian Roślin Uprawnych (COBORU). Istotną zmianą proponowaną w projekcie jest możliwość rejestracji odmiany genetycznie zmodyfikowanej, pod warunkiem, że modyfikacja wprowadzona do odmiany jest dopuszczona do obrotu z przeznaczeniem do uprawy na terytorium UE. W związku z rejestracją odmiany, w przypadku wykonywania badań innych niż określone w rozporządzeniu, COBORU sfinansuje różnicę pomiędzy kosztami zleconych badań a wpływami z urzędowych opłat za te badania. Ustawa wprowadza definicje odmian amatorskiej oraz regionalnej. Odmiana amatorska oznacza odmianę roślin warzywnych, która nie ma znaczenia dla towarowej produkcji warzyw, lecz ma znaczenie dla zachowania bioróżnorodności. W przypadku tej odmiany, za wpis do rejestru i zachowanie jej w trakcie badań oraz po wpisie odpowiada zachowujący odmianę. Odmiana regionalna odnosi się do populacji miejscowej roślin rolniczych lub warzywnych, naturalnie przystosowanych do warunków lokalnych. W sprawie uznania odmiany za amatorską lub regionalną opiniować mają jednostki określone przez ministra.
W ustawie pojawiły się również istotne zmiany w zakresie obrotu materiałem siewnym. Wprowadzono definicję odbiorcy nieprofesjonalnego, jest nim osoba fizyczna nabywająca materiał siewny nie w celu zarobkowym, tylko na potrzeby własne. Obowiązek przechowywania dokumentacji sprzedaży materiału siewnego przez 3 lata nie dotyczy sprzedaży dla nieprofesjonalnych odbiorców. Ponadto, prowadzący obrót materiałem siewnym ma obowiązek składania wojewódzkiemu inspektorowi okresowych, pisemnych raportów z obrotów. Wojewódzkiego inspektora musi informować również nabywca materiału siewnego z państw trzecich.
Prof. dr hab. Edward Gacek, dyrektor Centralnego Ośrodka Badań Odmian Roślin Uprawnych, wyraził pozytywną opinię o projekcie ustawy. - Zmiany w aktualnie obowiązującej ustawie są niezbędne. Regulacje proponowane w projekcie są zgodne z unijnymi dyrektywami i służą ujednoliceniu prawa wspólnotowego z obowiązującym w Polsce. Nowa ustawa pozwoli na sprawniejsze funkcjonowanie krajowego rynku nasiennego. Usprawnienia w obrocie materiałem siewnym mają być odczuwalne nie tylko przez podmioty zajmujące się obrotem, ale też przez rolników indywidualnych. W opinii dyrektora COBORU, ustawa powinna zostać jak najszybciej uchwalona.
Zastrzeżeń posłów z klubu PiS, dotyczących przepisów o GMO, dyrektor nie uznał za bezpodstawne. Podkreślił jednak, że zapisy o GMO w ustawie o nasiennictwie służą dostosowaniu prawa do dyrektyw UE. Zapisy te umożliwią m. in. stworzenie ewidencji upraw GMO w kraju oraz prowadzenie naukowych doświadczeń polowych z ich wykorzystaniem. Dyrektor argumentuje, że kwestie merytoryczne związane z GMO rozstrzyga ustawa o organizmach genetycznie zmodyfikowanych (z dnia 22 czerwca 2001), więc obiekcje związane z tym tematem nie powinny blokować ustawy o nasiennictwie.