Czołowa pozycja mocznika na polskim i światowym rynku nawozów azotowych wynika z niskich kosztów jego produkcji oraz wysokiej zawartości azotu (46 proc. N), również koszty związane z magazynowaniem i transportem są stosunkowo niskie. Ponadto, nie występuje jak w przypadku saletr ryzyko pożaru, lub wybuchu. Dużą zaletą jest także  jego wysoka rozpuszczalność powodująca wprawdzie pewien stopień higroskopijności, jednak nawóz ten jest przydatny w produkcji nawozów kompleksowych, jak i w aplikacji w formie granulowanej, w formie roztworu, lub w postaci powlekanych granul spowalniających uruchamianie nawozu. Zasadniczą wadę mocznika stanowią jednak wysokie straty gazowe jakim ulega azot zawarty w nawozie po jego zetknięciu z glebą. Po zastosowaniu mocznika do gleby następuje uwalnianie znacznych ilości gazowego amoniaku, w skrajnych przypadkach po wysianiu granul bezpośrednio na powierzchnię gleby straty gazowe azotu mogą przekraczać nawet  40 proc.

W wyniku oddziaływań enzymu ureazy pochodzenia mikrobiologicznego a także ureazy pozaustrojowej, związanej z glebą, zachodzi bardzo dynamiczny proces hydrolizy mocznika, w wyniku czego powstaje nietrwały węglan amonu. Związek ten bardzo szybko ulega samorzutnemu rozkładowi do gazowego amoniaku i dwutlenku węgla w warunkach temperatury panującej w okresie wegetacji roślin. Z uwagi na opisane zjawiska efektywność technologiczna mocznika stosowanego pogłównie w porównaniu z saletrą amonową z reguły wykazuje wyraźnie niższe wartości. Przepisy unijne mające na celu ograniczenie emisji gazów cieplarnianych (rozporządzenie (WE) 2003/2003) zabraniają w związku z tym pogłównego wysiewania mocznika bez jego przykrycia glebą.  Zaznacza się ponadto, iż w przypadku przedsiewnego stosowania tego nawozu zmieszanie z glebą mocznika powinno być niezwłoczne po jego wysianiu. Wielu rolników w Polsce uważa natomiast, iż przedsiewne stosowanie mocznika w skumulowanej dawce przynosi dobre rezultaty, ponieważ jest to nawóz wolniej działający w porównaniu z saletrą amonową i można go stosować wiosną w pełnej dawce zwłaszcza pod rośliny jare zagrożone wiosenną suszą. Takie postępowanie związane jest z dużym ryzykiem, ponieważ nawet po przykryciu nawozu glebą  uwalniający się amoniak w dużych ilościach może niekorzystnie wpływać na wschody roślin powodując krótkotrwałe lokalne podniesienie odczynu gleby wokół granul nawozu (nawet do pH 8). Natomiast generalnie częste stosowanie mocznika wpływa niekorzystnie na zakwaszenie gleby.