Mangan gromadzi się przede wszystkim w niezielonych strukturach komórkowych oraz wakuolach i tkankach merystematycznych. Bierze udział we wszystkich głównych funkcjach w roślinie: fotosyntezie, gospodarce hormonalnej rośliny, zwiększeniu odporności na choroby, tworzeniu chloroplastów.

Mangan niezbędny jest w tworzeniu mechanicznej odporności tkanek roślinnych. Jego obecność wiąże się z właściwą zwartością lignin warunkujących sztywność ścian komórkowych. Aktywuje enzymy odpowiedzialne za rozpad węglowodanów i redukcji azotanów, dlatego rośliny o intensywnej gospodarce azotowej i dużej zawartości białka gromadzą więcej tego pierwiastka. Mangan bierze udział w aktywacji rozwoju rośliny. Stymuluje pobieranie fosforu i w ten sposób pośrednio wpływa na rozwój systemu korzeniowego.

Deficyt manganu powoduje zahamowanie wydłużania się korzeni. Objawy niedoboru są widoczne w środkowej jego części, w postaci przewężeń. Gorsze jest wówczas przewodzenie roztworu glebowego do pozostałych, nadziemnych części rośliny. Niedobór manganu powoduje chlorozy młodych liści roślin, smugowate plamy pomiędzy żyłkami i opadanie liści. Niedostateczna ilość manganu w roślinie powoduje zahamowanie jej wzrostu.

Dostępność przyswajalnego manganu warunkowana jest aktywnością mikroorganizmów w strefie korzeniowej roślin i ściśle wiąże się z odczynem gleby. Optymalny odczyn gleby to zakres pH 5,8 - 6,2. Im wyższa kwasowość gleby (do pewnego stopnia), tym związki manganu są bardziej rozpuszczalne i łatwiej dostępne. Już na glebach bardzo kwaśnych koncentracja przyswajalnego manganu może okazać się toksyczna dla roślin.

W środowisku kwaśnym mangan może ulegać wymywaniu. Proces wymywania składnika do głębszych warstw gleby ograniczy wapnowanie, jednak będzie też zmniejszać przyswajalność pierwiastka.

Mangan w okresie wiosennym dostarcza się roślinom w nawozach dolistnych. Składnik powinien być dostępny w fazach krytycznych roślin. Zboża w fazie krzewienia wymagają 20-150 mg/kg suchej masy (s.m.), kukurydza w fazie 5./7. liścia 40-160 mg/kg s.m., rzepak w początku strzelania w pęd 30-140 mg/kg s.m., ziemniaki w początku kwitnienia, 4. liścia od góry 40-200 mg/kg s.m., burak cukrowy w pełni rozwiniętych liści 20-150 mg/kg s.m., strączkowe przed kwitnieniem 20-350 mg/kg s.m.