Zdecydowanie mniej korzystne, ale coraz częściej stosowane w praktyce jest wapnowanie w okresie zimowym. Jest to termin dopuszczalny i lepszy od wiosennego. Okres zimowy nie jest terminem agrotechniczne prawidłowym dla takich zabiegów. Wapnowanie zimą lub wczesną wiosną powinno być stosowane awaryjnie i ostatecznie. Będzie wówczas pełniło funkcje zabiegu ratującego plon. To czasem jedyna metoda na polepszenie sytuacji i odmianę warunków glebowych dla roślin.

Wapnowanie zimą ma swoje zalety. Poza korzyściami organizacyjnymi, oddziałuje lepiej na plony roślin niż wapnowanie przeprowadzone wiosną. W czasie stosowania wapnowania w okresie zimowym wydłuża się bowiem kontakt wapna z glebą, a ciężki sprzęt rozsiewający nie ugniata nadmiernie gleby i nie niszczy jej struktury.

Należy jednak pamiętać, że zabieg taki można tylko wykonać na polach równinnych, na których nie występują spływy wiosenne. Kilkucentymetrowa warstwa śniegu nie powinna przeszkadzać w przeprowadzeniu zabiegu.

Dawki wapna powinny być mniejsze niż stosowane w terminach standardowych. Lepiej zdecydować się na wapno węglanowe. W przypadku wapna tlenkowego (palonego, budowlanego) istnieje niebezpieczeństwo gorszych wschodów roślin (działa bardziej agresywnie w glebie).

Warto rozważyć nawozy granulowane, gdyż one nie wymagają mieszania z glebą, co w przypadku zimy jest dość istotne.

Wapnowanie zimą można również przeprowadzić w przypadku ozimin. Powinien być to jednak zabieg wykonany jedynie z konieczności. Nie ma tu jednak co liczyć na spektakularne zmiany pH (nie ma możliwości wymieszania wapna z glebą). Nawóz taki będzie jednak dobrym źródłem wapnia, czyli składnika pokarmowego niezbędnego dla prawidłowego wzrostu i rozwoju roślin.