Zawartość materii organicznej (tożsamej dla wielu z próchnicą) jest wskaźnikiem jakości gleb. Wpływa bowiem na ich właściwości fizyczne, chemiczne i biologiczne. W glebach piaszczystych wraz z wydzielinami drobnoustrojów tworzy lepiszcze zwiększające ich zwięzłość. Na gleby ciężkie oddziałuje odwrotnie - rozluźnia je. Zwiększenie zwięzłości lekkich gleb powoduje, że ograniczony zostaje proces wpłukiwania koloidów mineralnych w głąb profilu glebowego. Ilość materii organicznej w glebie decyduje też o jej pojemności wodnej, gdyż w stosunku do swojej masy może ona zatrzymać nawet 5-krotnie więcej wody. Wpływa ona także na pojemność cieplną gleby. Nadając jej ciemną barwę, powoduje szybsze i silniejsze jej nagrzewanie. Odgrywa to szczególnie ważną rolę wiosną, decydując o terminie wznowienia wegetacji przez oziminy i siewu roślin jarych.

Wpływ próchnicy na właściwości chemiczne gleby przejawia się chociażby zwiększeniem jej zdolności sorpcyjnych. Generalnie sorpcja gleby warunkowana jest obecnością mineralnych cząstek koloidalnych i próchnicy, jednak ten drugi element jest zdecydowanie ważniejszy. Gleby w Polsce są z natury ubogie w koloidy, a ponadto w stosunku do próchnicy charakteryzują się wielokrotnie mniejszą zdolnością okresowego przechowywania składników mineralnych. Substancje próchniczne decydują też o buforowości gleby, a więc o utrzymaniu stałego odczynu. Mają też zdolność do wiązania metali ciężkich, co ogranicza pobieranie tych substancji przez rośliny.

Próchnica jest także regulatorem liczebności mikroorganizmów glebowych - bakterii, promieniowców, grzybów - stanowiąc dla nich podstawowe źródło azotu i węgla. Gleby bogate w związki humusowe i organizmy saprofityczne są też zdrowsze, czyli z niskim udziałem gatunków będących fitopatogenami.

Z przeprowadzonych pod koniec XX w. badań wynika, że średnia zawartość próchnicy w warstwie gleby 0-25 cm wynosiła wówczas 2,2 proc. Według podziału stosowanego w Polsce gleby o niskiej zawartości próchnicy (poniżej 1 proc.) stanowiły ok. 6 proc. powierzchni użytków rolnych, o średniej zawartości (1-2 proc.) - ok. 50 proc., a zasobne (powyżej 2 proc.) - ok. 43 proc. Konfrontując uzyskane rezultaty ze standardami międzynarodowymi, które uznają zawartość próchnicy niższą niż 3,5 proc. za przejaw pustynnienia gleb, należy stwierdzić, że już w tym okresie ok. 90 proc. gleb użytkowanych rolniczo klasyfikowano jako ubogie w materię organiczną i wodę.