Wintegrowanej ochronie zwalczanie sprawców chorób podejmuje się wówczas, gdy skala porażenia roślin jest na takim poziomie, że osiągnięta została wielkość progu ekonomicznej szkodliwości dla danego sprawcy choroby zbóż, rzepaku lub innej uprawy. W przypadku innych upraw powstaje problem, bo najczęściej nie ma wyznaczonych wielkości porażenia przez grzyby, które wskazywałyby, że osiągnięto próg szkodliwości. Sytuacja ta dotyczy nie tylko Polski, ale także pozostałych krajów unijnych. Co w takiej sytuacji czynić? Wydaje się, że zasadne jest wykonanie zabiegu z użyciem środka grzybobójczego wówczas, gdy pojawiają się pierwsze objawy choroby, a warunki pogodowe i środowiskowe jak: temperatura, wilgotność względna powietrza, wielkość opadów, wilgotność gleby, nasłonecznienie, podatność odmiany, wskazują na intensywny rozwój choroby.

Należy przypomnieć, że w Integrowanej Ochronie Roślin (IOR) do zwalczania chorób można używać tylko tych fungicydów, które zaliczone zostały do grupy szkodliwych i poniżej tej grupy. Jeżeli fungicyd zawiera substancje czynną, która zaliczona jest jako toksyczna, to nie będzie można jej stosować w IOR Pewną niewiadomą w IOR jest zagadnienie profilaktycznego zwalczania (zapobiegania rozwojowi) sprawców chorób, np. przy pomocy takich substancji czynnych jak: chlorotalonil, mankozeb itp. W integrowanej ochronie chodzi przecież o to, żeby stosowanie "chemii" ograniczyć do minimum, a w przypadku profilaktyki przy pomocy wymienionych substancji, środek wprowadza się do środowiska trochę na zapas.

Podobny problem występuje w odniesieniu do bardzo ważnego, wręcz fundamentalnego zabiegu, jakim jest zaprawianie materiału siewnego. Zabieg ten jest chyba najbardziej efektywny w chemicznej ochronie, bo przy pomocy niewielkiej ilości substancji czynnej zwalczamy lub zapobiegamy rozwojowi wielu bardzo ważnym sprawców chorób. Najczęściej są to grzyby, które tylko przy pomocy tego zabiegu można zwalczyć. Niektóre z nich wytwarzają szkodliwe metabolity (mikotoksyny) i wpływają na jakość plonu, co może doprowadzić do sytuacji, w której otrzymany plon nie jest produktem handlowym. Nie może posłużyć jako żywność, jak również nie nadaje się też do produkcji paszy, a jednym z założeń w definicji IOR jest opłacalność produkcji rolniczej wytwarzanej z wykorzystaniem tego systemu.

Uzasadnieniem profilaktycznego stosowania środków grzybobójczych jest posiłkowanie się istniejącymi systemami wspomagania decyzji. W przypadku zaprawiania najlepiej, aby znać występujące grzyby w materiale siewnym, bo wtedy można wyznaczyć wielkość progów, które miałyby zastosowanie, a może w niektórych przypadkach się okazać, że zaprawianie nie jest konieczne.

Dopóki w Polsce na etykietach opakowań z materiałem siewnym nie widnieją informacje dotyczące zasiedlenia ziarna sprawcami chorób grzybowych, zabieg zaprawiania jest niezbędny i potrzebny. Przepuszczam, że podane argumenty są dobrym (choć nie całkowitym) uzasadnieniem do profilaktycznego stosowania środków grzybobójczych, bo przecież lepiej zapobiegać niż leczyć.