Większość chorób grzybowych swój rozwój rozpoczyna w glebie i w dużej mierze zależy to od nas samych z jakim nasileniem występuje choroba. W uprawach często popełnianych jest wiele błędów, które skutkują masowym występowaniem chorób na wielu roślinach. Sprzyjająca aura jest tylko jednym z wtórnych czynników, które stwarzają dogodne warunki dla rozwoju grzyba.

Choroby grzybowe, a konkretnie ich formy przetrwalnikowe zimują pod powierzchnią gleby, na pożniwnych resztkach roślinnych oraz w materiale nasadzeniowym (cebule, nasiona, rozsada). Przetrwalniki mogą pozostać w uśpieniu nawet kilkanaście lat. W zależności od rodzaju grzyba, zarodniki mają zróżnicowaną żywotność. Zwykle trwa ona 3 lata (zgnilizna twardzikowa), ale również nawet 8 do 9 lat (kiła kapusty). W sprzyjających warunkach zarodniki grzyba kiełkują i rozpoczynają zasiedlanie roślin. W walce z chorobami grzybowymi istotne jest zapobieganie, a w następnej kolejności stosowanie zabiegów chemicznych.

Chorobotwórcze grzyby najczęściej występują na zimujących, nieprzyoranych resztkach porażonych roślin, które pozostawiono na polu. W ten sposób rozwijają się m.in. czarna oraz mokra zgnilizna krzyżowych oraz polifagiczne: szara pleśń, alternarioza, chwościk buraka, mączniak rzekomy, mączniak prawdziwy, askochytoza, fuzaryjna zgorzel, zgnilizna twardzikowa, rdza oraz plamistości liści.

Jedną z najważniejszych metod zapobiegania są zabiegi agrotechniczne, które sprawiają, że następuje zmiana warunków do bytowania chorobotwórczych agrofagów. Prawidłowa uprawa roli, wczesnowiosenna podorywka, jesienna głęboka orka poprawiają warunki powietrzno-wodne gleby oraz niszczą formy przetrwalnikowe grzyba, chwasty i samosiewy roślin uprawnych będące pośrednim żywicielem grzyba.

Prawie wszystkie wymienione choroby przenoszą się z resztkami roślin, dlatego resztki pożniwne zaleca się głęboko przyorać. Z głęboko znajdujących się w glebie części roślin patogen nie ma możliwości wykiełkowania, przedostania się na powierzchnię i tym samym ginie. W miarę możliwości, szczególnie na małych działkach czy ogrodach, chore rośliny należy usuwać, palić lub głęboko zakopywać. Pod żadnym pozorem nie należy ich kompostować, nawet jeśli dodawane są przyspieszacze mineralizacji resztek roślinnych.