W przypadku części roślin porażonych chorobami, wybór kompostowania nie jest do końca pewną metodą. Jest grupa patogenów, które nie zginą w wyniku mineralizacji. Wówczas jedynym sposobem jest spalenie lub zakopanie głęboko w ziemi chorych części roślin. Jeśli właściwie będzie przebiegał proces kompostowania, to porażone przez patogeny liście mogą być użyte jako komponent. Jakie należy zatem spełnić warunki?

Kompostowanie jest to naturalna metoda przetwarzania substancji organicznej przy udziale bakterii, nicieni, dżdżownic czy pędraków. Na tempo rozkładu duży wpływ posiada temperatura i stosunek węgla do azotu. Najszybciej przetworzenie resztek roślinnych zachodzi przy udziale 25 węgla (C) i 30 azotu (N) proc. Ważne w tym przypadku jest kompostowanie różnych części roślin (owoców, obierek, liści, trawy, kory). Dużo węgla zawierają m.in. trociny, liście, łęty, a azotu odpadki miękkie (świeża trawa, owoce, warzywa, fusy, obornik).

Temperatura podczas kompostowania jest istotna w przypadku rozwoju mikroorganizmów, również patogenów roślin. W Polsce zazwyczaj istniej tzw. kompostowanie zimne, w którym większość mikroorganizmów i nasion chwastów przeżywa. Nasiona chwastów i nicienie giną w temperaturze ok. 55°C. Grzyby nie wytwarzające przetrwalników w 70°C, a bakterie i wirusy giną w odpowiednio w 85 i 96°C.

Uzyskanie takich warunków często jest trudne. Dlatego ważne jest przerabianie (mieszanie) kompostu i dodawania świeżego materiału organicznego. Odradza się dodawane porażonych części roślin, szczególnie przez kiłę kapusty, moniliozę, głownię kukurydzy/ cebuli, zgniliznę korzeni, zgorzeli, patogenów glebowych (fytoftoroza, werticilioza, guzowatość).

W tym przypadku najlepszym rozwiązaniem będzie głębokie przyoranie (zakopanie) w oddalonym miejscu, a w przypadku chorób kory, bakteryjnych czy wirusowych - koniecznie spalenie. Głębokie zakopanie uniemożliwi tworzenie się owocników grzyba i wydostanie się ich na powierzchnię. Należy jednak zwrócić uwagę, że niektóre patogeny mogą przetrwać w glebie od kilku do kilkunastu lat, np. kiła, fytoforoza.

Do kompostu można dodawać liście porażone parchem, biała plamistością, antraknozą, drobną plamistością, mącznikiem rzekomym, chwościkiem buraka, septorioza selera, czekoladowa plamistość, czarna plamistość róży. Te patogeny giną w temperaturze jaka panuje w kompostowniku.