Podstawą w przypadku tego zboża jest zaprawianie ziarna przed siewem. Okres ochrony przed chorobami warunkowany zaprawą jest w jego przypadku dość długi w stosunki do długości trwania całej wegetacji. Niemniej jednak się kończy, a w przypadku wysiewu niezaprawionego ziarna - wcale nie występuje.


Chorobami, których zwalczanie jest szczególnie ważne w uprawie jęczmienia jarego jest plamistość siatkowa jęczmienia, rychosporioza zbóż i mączniak prawdziwy.


Rynchosporioza zbóż jest głównie notowana na jęczmieniu. Choroba ta rozwija się bardzo dobrze w okresie chłodu i wilgoci, a straty nią powodowane zwykle wynoszą około 10 proc., lecz mogą sięgać do około 30 proc. Pod koniec fazy strzelania w źdźbło próg jej szkodliwości wynosi około 15 proc. roślin porażonych. Rozwojowi sprzyja temperatura 10-20oC, wilgotność powietrza około 80 proc. i częste deszcze. Czas inkubacji w temperaturze 15oC wynosi około 13 dni.

Porażone zostają głównie pochwy liściowe i liście, objawami jest występowanie szaro-białych soczewkowatych, bądź eliptycznych plam o długości od 5 do 20 mm posiadających charakterystyczne brązowe, niekiedy ząbkowane obwódki. Porażenie nasady liści doprowadza do zamierania całych blaszek.
Inną chorobą powodującą duże straty w plonie jęczmienia jarego jest plamistość siatkowa. Grzyb atakuje rośliny we wszystkich fazach rozwojowych, największe straty odnotowywane są w latach o dużej ilości opadów, nawet do 25 proc. Rozwija się przy dużej wilgotności powietrza, wysokich temperaturach, silnym nasłonecznieniu i wiatrach. Porażenie występuje głównie na liściach i pochwach liściowych, ale może być również widoczne na źdźbłach i kłosach. Objawy są widoczne zwykle od fazy strzelania w źdźbło i możemy podzielić je dwie kategorie: plamy (spot) i siatki (net). Pierwszy typ to owalne, długie brązowe nekrotyczne plamy, natomiast typ net to nieregularne brązowe plamy o siatkowatym wzorze, dookoła których tkanka rośliny jest nieco rozjaśniona.

W przypadku obserwacji wystąpienia objawów porażenia przekraczającego próg szkodliwości należy zastosować oprysk fungicydowy.
Do zwalczania chorób jęczmienia jarego można użyć, po zapoznaniu się z ich etykieta, preparatów opartych przykładowo o takie substancje jak: protiokonazol, pochodne strobilurin, fluoksastrobina+ protiokonazol, fenpropimorf + metrafenon + epoksykonazol, fenpropimorf + epoksykonazol + krezoksym metylu