Wiele z tych substancji hamuje rozwój dobroczynnych bakterii saprotroficznych, a co za tym idzie zmniejszają poziom mineralizacji resztek pożniwnych i negatywnie wpływają na obieg pierwiastków. Akumulacja w warstwie ornej tych substancji oraz ich przemieszczanie się w profilu glebowym zależy w dużej mierze od właściwości fizycznych i chemicznych gleby w tym ilości i jakości próchnicy glebowej. Trwałość pestycydów w glebie zależy od struktury, rodzaju, odczynu pH oraz ilości mikroorganizmów w glebie.


Stosowanie środków ochrony roślin powoduję pewne zmiany składu chemicznego w roztworze glebowym (fazie ciekłej gleby) oraz może wpływać na zmianę składu chemicznego powietrza glebowego (faza gazowa gleby). Zmiany właściwości gleb wynikające ze zmian właściwości biologicznych skutkują zahamowaniem rozkładu materii organicznej i jej mineralizacji, zaburzeniem przemian biochemicznych, co z kolei może skutkować zmniejszeniem pulchności i przewiewności gleby.

W naszych warunkach nie jest to zjawisko, aż tak powszechne gdyż w świetle krajów UE stosujemy jeszcze racjonalne ilości zabiegów pestycydowych. Są jednak wyjątki. Wielkoobszarowi producenci uprawiający ziemniaki dla przetwórstwa w ochronie swoich plantacji potrafią stosować nawet do 17 zabiegów środkami ochrony roślin. Podobne wyniki uzyskują niektórzy warzywnicy i sadownicy. Taka technologia uprawy zakłóca naturalne procesy przemian w glebie i prowadzi do negatywnych skutków. Rekordzistami są producenci belgijscy i holenderscy gdzie np. w uprawie ziemniaków stosują ponad 20 zabiegów chemicznych.

Następstwem tych niekorzystnych zjawisk może być zubożenie gleb w mikro- i makroelementy dostępne dla roślin, pogorszenie jej żyzności, a w skrajnych przypadkach zaburzenie funkcji ekologicznych gleby.

Duża zawartość próchnicy ochrania glebę przed ujemnymi skutkami chemizacji rolnictwa. Gleby zasobniejsze w próchnicę są odporniejsze na ujemny wpływ zanieczyszczeń niż gleby słabo próchniczne. Jest to niewątpliwe związane ze zdolnościami sorpcyjnymi gleby. Szczególnie ważna jest zdolność substancji próchnicznych do tworzenia połączeń z pestycydami, zwłaszcza herbicydami.

Ważną drogą skażenia środowiska pestycydami są błędy w aplikacji środków ochrony roślin, awarie opryskiwaczy i używanie do oprysków sprzętu niesprawnego technicznie. Gorsze od zmniejszenia ilości mikroorganizmów jest ograniczenie ich bioróżnorodności. Większa różnorodność drobnoustrojów to większy potencjał enzymatyczny, a wiec większa zdolność gleby do detoksykacji zanieczyszczeń.