W przypadku rdzy brunatnej próg szkodliwości dla pszenicy w fazie krzewienia wynosi od 10 do 15 proc. liści z objawami porażenia, w fazie strzelania w źdźbło 10 proc. porażonej powierzchni liścia podflagowego, natomiast w fazie kłoszenia, gdy pojawią się pierwsze objawy na liściu flagowym. Takie wartości ustalone dla rdzy brunatnej można przyjąć w przypadku notowania na plantacji coraz bardziej powszechniej występującej rdzy żółtej. 

Do zwalczania rdzy żółtej najczęściej przystępuję się już wykonując zabieg T-1. Duża część dostępnych środków ochrony roślin użytych w tym terminie ogranicza rozwój pierwszych infekcji. Najczęściej walkę z chorobą wykonuje się w terminie T-2 gdy roślina zaczyna się kłosić i w T-3, czyli gdy wykonuje się zabieg na „kłos". Zdaniem prof. Korbasa w walce z rdzą żółtą skutecznie okazują się często wykorzystywane w ochronie zbóż triazole. Mogą to być przykładowo takie substancje czynne jak epoksykonazol, protiokonazol, tebukonazol itd. Dobrze jest połączyć s.cz. z tej grupy z inną substancja czynną z grupy chemicznej np. strobiluryn, czy z fungicydami z grupy chemicznej SDHI.