Na pszenicy ozimej widoczne są objawy chorobowe, przede wszystkim septorioza paskowana liści pszenicy. W niektórych plantacjach pojawia się też mączniak, sporadycznie rdza brunatna. W jęczmieniu można zaobserwować plamistość siatkową liści jęczmienia i rynchosporiozę.

Zagrożenie stanowią też choroby podstawy źdźbła i korzeni, których obecność stwierdza się u podstawy rozkrzewień w postaci żółto-brunatnych plam. W miarę postępu choroby medalionowate plamy z czarnym środkiem obejmują dolne międzywęźla.

Walkę z chorobami rozpoczyna się w terminie T1, od fazy krzewienia do początku strzelania w źdźbło. Z zabiegiem oprysku preparatami triazolowymi trzeba się wstrzymać, bowiem temperatury dla substancji z tej grupy są jeszcze za niskie (optymalna to powyżej 12°C). Przy oprysku w temperaturach poniżej 10°C sięga się po morfolony i imidiazole.