Decyzję o sposobie i terminie zwalczania pryszczarka zbożowca należy podjąć po przeprowadzeniu obserwacji uprawy.
Lot muchówek i składanie jaj rozpoczyna się od początku maja do końca czerwca. Początek lotu muchówek zbiega się najczęściej z początkiem kwitnienia rzepaku oraz z pełnią kwitnienia jabłoni. Młode larwy przedostają się pod pochwy liściowe i żerują na źdźbłach.

Zabieg zwalczający przy użyciu środków ochrony roślin wykonuje się nie później niż 6-8 dni po stwierdzeniu wzmożonego lotu (szczyt lotu) szkodnika, gdy rośliny są w fazie strzelania w źdźbło. Po upływie tego okresu dorosłe larwy wchodzą pod pochwy liściowe, gdzie są osłonięte przed ewentualnym działaniem preparatu.

Masowy lot szkodnika możemy stwierdzić wystawiając żółte naczynia lub żółte tablice lepowe, które przegląda się co 2 dni. Odłowienie powyżej 10 owadów w jednym naczyniu lub stwierdzenie zwiększenia o 10 muchówek na jednej tablicy lepowej jest sygnałem do przeprowadzenia zabiegu zwalczającego. Podstawą do przeprowadzenia zabiegu jest również stwierdzenie jaj na 25% lub więcej analizowanych źdźbeł lub stwierdzenie średnio 15 jaj na 1 źdźbło.

Przykładowe zwalczanie szkodnika za pomocą insektycydów zawierających substancję czynną: alfa-cypermetrynę .