Zboża jare, a zwłaszcza pszenżyto jare, uważa się za formę zbóż, która nie wymaga stosowania fungicydów, aby zlikwidować zagrożenie przez grzyby chorobotwórcze. Jest to błędny pogląd, który opiera się tylko na twierdzeniu, że pszenżyto jare wysiewane jest na wiosnę i zdecydowanie krócej trwa okres wegetacji tego gatunku, co powoduje, że grzyby będące sprawcami chorób nie zdążą pszenżyta jarego porazić w takim stopniu, aby powstały straty w plonie o znaczeniu gospodarczym. Powierzchnia uprawy pszenżyta jarego wynosi ok. 170 tys. ha, ale pszenżyto ozime uprawia się na ok. 820 tys. ha. Pszenżyto jare, gdy znajdzie się w sąsiedztwie ozimej formy tego gatunku, łatwo porażane może być przez grzyby, które stanowią zagrożenie dla ich rozwoju. Powierzchnia uprawy pszenżyta jest znacząca, a to oznacza, że zarodników różnych grzybów powodujących choroby nie będzie brakowało. Do groźnych chorób, które trzeba zwalczać, aby uzyskać wysoki plon ziarna pszenżyta jarego, należą: zgorzel siewek, mączniak prawdziwy zbóż i traw, rynchosporioza zbóż, rdza brunatna, septorioza plew (liście i kłosy), rdza żółta, brunatna plamistość liści (DTR), fuzarioza kłosów.

Przyjmuje się też niewłaściwy pogląd, że po co chronić pszenżyto, skoro ono tak słabo plonuje. Jak podaje GUS, plonowanie pszenżyta wynosi 21,2 dt/ha. Rzeczywiście jest to mało i przy takim spodziewanym plonie ochrona chemiczna z użyciem środka grzybobójczego nie ma sensu. Są też inne, sprawdzone wielokrotnie w doświadczeniach wykonanych przez COBORU wielkości plonowania, jakie można uzyskiwać, uprawiając pszenżyto jare. Jak podaje to źródło, pszenżyto jare bez szczególnych warunków co do gleby i nawożenia, ale chronione przy pomocy fungicydów plonuje przez wiele sezonów bardzo dobrze, bo zbiera się w tych doświadczeniach 64,2 dt/ha. Jest to plon, który wyraźnie wskazuje, że również pszenżyto jare warto chronić, bo wtedy uzyskiwać można taką ilość ziarna, która daje znaczny zysk.

Poniżej omówiono choroby, które są najbardziej szkodliwe w uprawie pszenżyta jarego.

Z chorób występujących w tym zbożu należy wymienić zgorzele siewek, a zatem ziarno przed siewem trzeba zaprawiać, bo gdy choroba będzie występować na plantacji, nie uzyska się odpowiedniej obsady roślin na m2, którą na glebach kompleksu żytniego uzyskuje się, gdy wysiewa się ok. 450 ziaren na m2. Gdy siejemy pszenżyto jare wcześnie, to obsada kłosów w ilości ok. 500 szt. na m2 daje gwarancję uzyskania plonu w ilości ok. 60 dt/ha. Aby zlikwidować zagrożenie przez zgorzel siewek, należy ziarno przeznaczone do siewu zaprawić przy użyciu jednej z wielu zarejestrowanych do tego celu zapraw. Do wyboru mamy kilkanaście zarejestrowanych zapraw i wszystkie są skuteczne w walce z tą chorobą.